蛋白与小分子优化不收敛L502错误

z1065480896 · 发表于 Post on 2023-1-5 09:09:16

本帖最后由 z1065480896 于 2023-1-5 09:09 编辑

   大家好，最近在探究蛋白与小分子的相互作用, 进行优化。
   本体系是一个小分子附近有7个氨基酸，刚开始发现结构中提取后没有加氢，加氢后探究1个小分子附近的两个氨基酸能正常收敛。
用同样的方法探究7个氨基酸后一直不收敛。大家看看到底哪里出了问题？谢谢大家。
看了社长的http://sobereva.com/61（解决SCF不收敛问题的方法), 也进行了试错发现很多结果都是L502错误，显示如下所示。
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done:  E(UB3LYP) =  -7057.14511225    A.U. after  129 cycles
         NFock=128  Conv=0.16D-02    -V/T= 2.0083
<Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.5000 <S**2>= 1.8715 S= 0.9565
<L.S>= 0.000000000000E+00
KE= 6.999399655367D+03 PE=-9.324164133734D+04 EE= 4.079480066729D+04
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation    1.8715, after    1.1961
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /opt/gaussian/g16/l502.exe at Thu Jan  5 02:07:45 2023.
Job cpu time:    5 days 23 hours  2 minutes 50.2 seconds.
Elapsed time:    0 days 17 hours 53 minutes 33.8 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF= 7370 Int=    0 D2E=    0 Chk= 239 Scr=    1
输入输出文件如下：

sobereva · 发表于 Post on 2023-1-5 09:42:24

先确保体系没有硬伤
体系里净是-N-H，氮只连两个键，莫名其妙

z1065480896 · 发表于 Post on 2023-1-5 11:02:22

本帖最后由 z1065480896 于 2023-1-6 08:16 编辑

sobereva 发表于 2023-1-5 09:42
先确保体系没有硬伤
体系里净是-N-H，氮只连两个键，莫名其妙

确实太粗心了，谢谢社长，我再试试.。重新上传后还是同样的错误

sobereva · 发表于 Post on 2023-1-7 01:53:57

照常解决
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

并且可以考虑先用xtb在GFN-xTB级别做个预优化，再用DFT计算。预优化消除初始结构可能存在的明显不合理性之后SCF往往容易收敛得多

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