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[Gaussian/gview] 帮助设定Gaussian输入文件中优化flag和MM电荷的小工具

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发表于 2016-6-6 12:19:08 | 显示全部楼层 |阅读模式
帮助设定Gaussian输入文件中优化flag和MM电荷的小工具

文/Sobereva @北京科音   2016-Jun-6


近来由于计算需要写了两个小程序setopt和setcharge,一个是用来帮助设定Gaussian输入文件中的优化flag,另一个是帮助设定MM电荷。虽然程序很简单,但很有用,这里分享下。Windows版及源代码下载地址: optflag 1.0.rar (336.18 KB, 下载次数: 30)

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参与人数 3eV +15 收起 理由
小范范1989 + 5 太有帮助了
zsu007 + 5 GJ!
978142355 + 5 神一样的存在

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发表于 2016-6-7 08:16:53 | 显示全部楼层
本帖最后由 小范范1989 于 2016-6-7 08:19 编辑

sob老师好,通过老师这个帖子学到了很多,对我之前的一个想法帮助非常大,(想法之前和您讨论过:ONIOM优化,但是在算频率的时候,把MM区域当做背景电荷处理)

所以,针对您的第二个方案setcharge,我这里有几个问题想咨询一下老师:
1:我看老师说这个CHELPG电荷,会给后面晶体中每个分子这个附上电荷。我想咨询的是高斯计算的CHELPG电荷的顺序,和咱们要对晶体中赋值的顺序是一样的吗?如何才能保证一样?
其实我的意思是,会不会出现高斯计算的H的电荷被赋值到了晶体中C原子上面。这个对应关系如何保证准确?
2:希望sob老师指点一下我计算频率,把MM当做背景电荷的处理方式:
  2.1:通过老师的optflag程序,我对晶体结构进行了固定等等,然后用ONIOM进行了优化,得到了优化的坐标文件。
  2.2:现在,我想通过老师说的setcharge方式来把我周围的分子做背景电荷,
         处理方式为:先通过老师的这个setcharge程序对所有的分子进行电荷赋值,
         然后:把中心分子的坐标单独取出来,保存做高斯输入文件(去除刚刚计算的电荷)。同时把周围所有分子的坐标和刚刚得到的电荷,做背景电荷处理,也就是放到中心分子坐标的后面。


3:不知道我2.2这种方式对不对,也就是中间分子做中性分子,不考虑自身的电荷,而把周围的做背景电荷。但是我看sob老师是把中间的做成了带+1的文件,这里老师只是为了展示计算还是说ONIOM处理的时候的一种方式?谢谢老师。

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 楼主| 发表于 2016-6-7 09:19:52 | 显示全部楼层
小范范1989 发表于 2016-6-7 08:16
sob老师好,通过老师这个帖子学到了很多,对我之前的一个想法帮助非常大,(想法之前和您讨论过:ONIOM优化 ...

1 团簇里相同种类分子原子顺序通常都是一样的,你取其中一个,优化,算电荷,显然给出来的顺序还是和团簇里一致

2.2 你没必要去除中心分子的电荷,你不用分子力场来做的话原子电荷设定就不会被利用而已,不碍事。

3 对。+1只是为了演示,另外涉及到算外重组能的时候也需要这么干。
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发表于 2016-6-7 09:35:28 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2016-6-7 09:19
1 团簇里相同种类分子原子顺序通常都是一样的,你取其中一个,优化,算电荷,显然给出来的顺序还是和团簇 ...

非常感谢sob老师,学会了好多。
PS:顺带一下,这个gromacs培训班是暑假开学之后(9月后)?谢谢老师
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 楼主| 发表于 2016-6-7 12:08:22 | 显示全部楼层
小范范1989 发表于 2016-6-7 09:35
非常感谢sob老师,学会了好多。
PS:顺带一下,这个gromacs培训班是暑假开学之后(9月后)?谢谢老师

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发表于 2016-6-15 08:18:41 | 显示全部楼层
本帖最后由 小范范1989 于 2016-6-15 10:46 编辑
sobereva 发表于 2016-6-7 09:19
1 团簇里相同种类分子原子顺序通常都是一样的,你取其中一个,优化,算电荷,显然给出来的顺序还是和团簇 ...

再咨询sob老师一下,这里为什么使用CHELPG电荷呢?原因是什么,或者参考文献,因为我怕后面写的时候审稿人问,就想先说一下为什么用CHELPG电荷。谢谢老师第二个就是:计算的高斯输出文件,读取电荷是哪一部分呢?我看有         
Condensed to atoms (all electrons):
Mulliken charges:
            .......
Mulliken charges with hydrogens summed into heavy atoms:


Fitting point charges to electrostatic potential
Charges from ESP fit, RMS=   0.00431 RRMS=   0.38174:
ESP charges:


ESP charges with hydrogens summed into heavy atoms:

以及
-----------------------------------------------------------------

              Electrostatic Properties (Atomic Units)

-----------------------------------------------------------------
    Center     Electric         -------- Electric Field --------
               Potential          X             Y             Z
-----------------------------------------------------------------
  这么多选项呢,

PS:刚刚qq群里,sob老师已经指点,是读取Charges from ESP fit, RMS=   0.00431 RRMS=   0.38174:
ESP charges:

谢谢sob老师
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发表于 2016-6-30 17:00:57 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2016-6-7 09:19
1 团簇里相同种类分子原子顺序通常都是一样的,你取其中一个,优化,算电荷,显然给出来的顺序还是和团簇 ...

sob老师好,现在遇到这个背景电荷赋值的时候和初始分子坐标不对应的问题。
我的分子如附件。
主要是我分子的编号问题,同一个分子内,虽然编号连续了,但是相同分子之间,编号并不是相同的,比如说第一个是S-N-C-C-H,而第二个分子却是S-C-N-H-C这个样子,不知道如何把这些分子的顺序一致的排列起来。
希望sob老师能帮助调节一下这两个分子,能够指点一下如何实现,谢谢sob老师。
PS:之前用sob老师的这个方式完全没有问题。我感觉这次是因为实验分子给的这个cif的原因、cif少了H,自己扩充了层数,然后通过又保存坐标,同时添加了H。所以出现了顺序不对应的问题。
谢谢sob老师

two.gjf

57.92 KB, 下载次数: 5

three.gjf

87.43 KB, 下载次数: 3

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小范范1989 发表于 2016-6-30 17:00
sob老师好,现在遇到这个背景电荷赋值的时候和初始分子坐标不对应的问题。
我的分子如附件。
主要是我 ...


这个得自己写个程序,否则没什么办法
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发表于 2016-7-1 07:22:31 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2016-7-1 01:31
这个得自己写个程序,否则没什么办法

偶,这样子,好的, 谢谢sob老师。
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