关于优化晶面

wufangfang

我建立了一个8x8x1的氧化锆（110）晶面，切了3层，固定2层，结果优化失败了，这是因为我建立的晶面太大的吗？




Publications of specific relevance to this calculation:

Density functional:
P91 exchange: Perdew, Physica B 172, 1 (1991)


The Generation and Use of Delocalized Internal Coordinates in Geometry optimization;
Baker Kessi Delley: J. Chem. Phys., 105, 192 (1996)
Andzelm Fitzgerald King-Smith: Chem. Phys. Lett., 335, 321 (2001)

Fast Calculation of Electrostatics in Crystals and Large Molecules;
Delley: J. Phys. Chem. 100, 6107 (1996)

Warning: ecp             takes precedence over using  symmetrized basis
Calculation is Spin_restricted



Lattice:
translation vector [a0]    1   77.722167850    0.000000000    0.000000000
translation vector [a0]    2    0.000000000   54.957960030    0.000000000
translation vector [a0]    3    0.000000000    0.000000000   44.319746809
Cell volume       189309.662 a0^3
Warning: at least C1 SYM file should be there for optgeom
Oxygen       nbas=  1, z=   8, nrfn=  7, rcut=  8.69, e_ref= -0.056141 Ha
                                  rcore=  0.00  zval=   8.00   8.00
   n=1  L=0  occ= 2.00 e=     -18.912531Ha      -514.6364eV
   n=2  L=0  occ= 2.00 e=      -0.879876Ha       -23.9426eV
   n=2  L=1  occ= 4.00 e=      -0.334433Ha        -9.1004eV
   n=2  L=0  occ= 0.00 e=      -2.144815Ha       -58.3634eV
   n=2  L=1  occ= 0.00 e=      -1.593916Ha       -43.3727eV
   n=3  L=2  occ= 0.00 e=      -2.722222Ha       -74.0755eV
   n=3  L=2  occ= 0.00 e=      -1.388838Ha       -37.7922eV  eliminated
Zirconium    nbas=  2, z=  40, nrfn=  7, rcut=  8.69, e_ref= -0.039312 Ha
  Zr ECP ECP28MWB : 28 3   32     rcore=  3.58  zval=  12.00  40.00
   n=4  L=0  occ= 2.00 e=      -2.007769Ha       -54.6342eV
   n=4  L=1  occ= 6.00 e=      -1.178718Ha       -32.0745eV
   n=4  L=2  occ= 2.00 e=      -0.104892Ha        -2.8543eV
   n=5  L=0  occ= 2.00 e=      -0.139354Ha        -3.7920eV
   n=4  L=2  occ= 0.00 e=      -0.722500Ha       -19.6602eV
   n=5  L=0  occ= 0.00 e=      -0.640828Ha       -17.4378eV
   n=5  L=1  occ= 0.00 e=      -0.462659Ha       -12.5896eV

Symmetry orbitals C1                           
    n  norb    representation
    1 12032        a   
  total number of valence orbitals:  12032

cell charge=              0.000000   active electron number    7168.0
(without charge=            7168.0 )


Integration in 3d (fixed mesh): ipa=    6  f3= F
npri,iomax,iomin, thres,  rmaxp,    sp
   0    6    1   0.00010   10.00    1.00
Integration points, checksum  0    448040   3584256    7168.086841

matrix diagonalization has max memory requirements  4969.8 MB      277.4   273.5  4419.0

real array elements, matrices vectors etc:    3864.3 MB
integer arrays                           :      69.2 MB
min recommended for all-incl workspace   :    3889.6 MB
Total memory allocated for arrays         :    4969.9 MB
Total disk space needed for TPVEC       1.10 GB

Signal Caught:           15                                
Signal Caught:           15                                
Signal Caught:           15                                
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Signal Caught:           15                                
Signal Caught:           15                                
Signal Caught:           15                                
HP-MPI licensed for Accelrys.
Host 0 -- ip 10.1.255.253 -- ranks 0 - 7

host | 0
======|======
    0 : SHM

Prot -  All Intra-node communication is: SHM

Checked out license feature: MS_dmol_MP <v2010.090> [for msi] (1 copy)

Checked out license feature: MS_dsolid_MP <v2010.090> [for msi] (1 copy)

MPI Application rank 0 killed before MPI_Finalize() with signal 9

DMol3.pl message: DMol3 job finished in 0 hr 44 min 35 sec.

liu_tiao

      总共多少原子啊。真空层多大。

wufangfang

180左右个原子，真空层18A，k点1x11,您说会不会k点太小了，一般有什么经验或规律之类的吗？

liu_tiao

wufangfang 发表于 2016-6-6 19:37
180左右个原子，真空层18A，k点1x11,您说会不会k点太小了，一般有什么经验或规律之类的吗？

超胞的大小是多少呢。你这个体系太大，先用很低精度试试吧

wufangfang

我建立了一个8x8x1的氧化锆（110）晶面，切了3层，固定2层，结果优化失败了，这是因为什么原因？




Publications of specific relevance to this calculation:

Density functional:
P91 exchange: Perdew, Physica B 172, 1 (1991)


The Generation and Use of Delocalized Internal Coordinates in Geometry optimization;
Baker Kessi Delley: J. Chem. Phys., 105, 192 (1996)
Andzelm Fitzgerald King-Smith: Chem. Phys. Lett., 335, 321 (2001)

Fast Calculation of Electrostatics in Crystals and Large Molecules;
Delley: J. Phys. Chem. 100, 6107 (1996)

Warning: ecp             takes precedence over using  symmetrized basis
Calculation is Spin_restricted



Lattice:
translation vector [a0]    1   77.722167850    0.000000000    0.000000000
translation vector [a0]    2    0.000000000   54.957960030    0.000000000
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Cell volume       189309.662 a0^3
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Zirconium    nbas=  2, z=  40, nrfn=  7, rcut=  8.69, e_ref= -0.039312 Ha
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Symmetry orbitals C1                           
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Integration in 3d (fixed mesh): ipa=    6  f3= F
npri,iomax,iomin, thres,  rmaxp,    sp
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matrix diagonalization has max memory requirements  4969.8 MB      277.4   273.5  4419.0

real array elements, matrices vectors etc:    3864.3 MB
integer arrays                           :      69.2 MB
min recommended for all-incl workspace   :    3889.6 MB
Total memory allocated for arrays         :    4969.9 MB
Total disk space needed for TPVEC       1.10 GB

Signal Caught:           15                                
Signal Caught:           15                                
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Signal Caught:           15                                
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Signal Caught:           15                                
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Host 0 -- ip 10.1.255.253 -- ranks 0 - 7

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    0 : SHM

Prot -  All Intra-node communication is: SHM

Checked out license feature: MS_dmol_MP <v2010.090> [for msi] (1 copy)

Checked out license feature: MS_dsolid_MP <v2010.090> [for msi] (1 copy)

MPI Application rank 0 killed before MPI_Finalize() with signal 9

DMol3.pl message: DMol3 job finished in 0 hr 44 min 35 sec.

wufangfang

我选择了精度是Medium

liu_tiao

wufangfang 发表于 2016-6-6 19:50
我选择了精度是Medium

真空层能否也调小一些。

wufangfang

因为我还要在晶面上放吸附分子，如果真空层太小的话，放不进去。

liu_tiao

wufangfang 发表于 2016-6-6 20:32
因为我还要在晶面上放吸附分子，如果真空层太小的话，放不进去。

什么分子。带苯环的吗

zyj19831206

wufangfang 发表于 2016-6-6 19:48
我建立了一个8x8x1的氧化锆（110）晶面，切了3层，固定2层，结果优化失败了，这是因为什么原因？[/backcolo ...

加没加smearing?有没有应用slab correction?有没有降低density mixing和提高DIIS size?

wufangfang

不好意思，最近忙晕了，可以打开了，结果我们计算平台故障了