将GPU从1060升级到3070后gromacs计算速度的提升对比和分享

xsc6

先说明一下，由于个人财力和组内财力限制，所以设备都是自掏腰包（非常羡慕能使用几块3090的小伙伴）cpu：amd 3700x
之前一直使用GTX 1060, 在显卡加速下计算速度明显加快，但想着再进一步提升一下
sob老师的课堂上和大家讲过，显卡的流处理器数量起到了重要作用，GTX1060为1288个。在去年培训班后经过斟酌入手了一块RTX 3070(多亏了年底及时发的奖学金)，流处理器单元5888个。
既然入手了，我就非常期待计算速率能够提升多少
3700x+GTX1060 和3700x+RTX3070（sob老师推荐配置）
原子数：12000个左右
注：为了发挥显卡的最大作用，我将gromacs2019.6更换到了2020.6，以便使用-update gpu，将约束以及坐标更新也放到gpu上算
如图，两次对同一任务的计算结果




总结：将显卡从1060到3070提升并使用-update gpu，速率大概提升2.25倍
虽然和我没买显卡之前的预期有点差距（我本来以为能够提升个四五倍，应该不会是我哪里出问题了吧，还请各位老师指点），但总体也加快了不少我的计算速度
这里也给 预算有限并自掏腰包购买配置（像我一样）的小伙伴做一个参考，希望能够合理考率价格和速度因素选择合适的硬件（老板有钱那肯定就啥好买啥呗），毕竟GTX1060某鱼淘一张也就几百，相比于纯cpu计算速度提升非常明显。

牧生

实际上，3090也没有那么香，基本上和3080的速度相等。

但我感觉你的3070的速度比我预想的慢了点，你可以考虑自己花点小钱，十几块足矣，去autodl试一下那上面的卡，计算你的体系速度是多少？

autodl上有很多显卡，而且已经配置好了gmx2022.2，无需自己动手，直接就可以马上跑。我自己去试了下，15万原子的体系，均用了-update gpu命令，4090的速度基本上是3090的1.8~2倍。准备在夏季之前入手一个4090

xsc6

牧生 发表于 2023-1-15 18:53
实际上，3090也没有那么香，基本上和3080的速度相等。

但我感觉你的3070的速度比我预想的慢了点，你可以 ...

我也觉得3070比我想象的慢一点，但总体也可以接受吧，要是更快就更好了
之前不知道autodl，现在了解了一下，下次去试试看，谢谢啦！
祝你学习科研顺利哦

Entropy.S.I

牧生 发表于 2023-1-15 18:53
实际上，3090也没有那么香，基本上和3080的速度相等。

但我感觉你的3070的速度比我预想的慢了点，你可以 ...

RTX 4090性能测试详见http://bbs.keinsci.com/thread-33296-1-1.html，目前在全球互联网范围内还没看到过比这更详实的测试。几个月后我可能会再测一遍，看看软件层面有多大优化。