编写了一个过渡态寻找程序，求测试例子

Sui1999 · 发表于 Post on 2023-10-31 14:23:12

HATRE 发表于 2023-10-31 13:28
尝试算了一下，结果如下：
单点：M062X/DEF2-TZVP//结构优化：B3LYP/6-31G(D,P)
step1:

非常感谢，想问一下这个应该是在基态的结果吧，因为如果是激发态的话，噁唑环的C-O键断裂之后，两个苯环之间的二面角大概会在90°。

HATRE · 发表于 Post on 2023-10-31 15:49:57

Sui1999 发表于 2023-10-31 14:23
非常感谢，想问一下这个应该是在基态的结果吧，因为如果是激发态的话，噁唑环的C-O键断裂之后，两个苯环 ...

是基态的结果。你可以根据这个结果做参考算一下激发态的过程

Sui1999 · 发表于 Post on 2023-10-31 17:53:38

HATRE 发表于 2023-10-31 15:49
是基态的结果。你可以根据这个结果做参考算一下激发态的过程

好的，非常感谢。

Voidmio · 发表于 Post on 2023-11-2 09:15:15

您好！最近实验室搭了小小服务器，也想做这样一个在线网页方便（没有计算基础的）实验室各位进行计算，有一些小问题想请教您：
1. 计算任务的提交能否通过网页直接完成呢，就是类似网页上拖入文件上传任务 - 提交服务器进入队列 - 计算 - 结果查看/下载
2. 输出文件中数据的提取及绘图是大致是怎么实现的呢，非常好奇
本人对于动态网页设计基本是外行，问题可能基础并愚蠢，麻烦您了orz

wang7344412 · 发表于 Post on 2023-11-3 23:49:06

您好，能否帮忙找一个断键的过渡态。我找了好久一直没找到。希望能得到您的帮助，十分感谢。 b3lyp/6-31+g(d)级别，15和63断键的过渡态，同时保持1,6,8,27,29,39,41,55 原子固定。

HATRE · 发表于 Post on 2023-11-17 08:09:09

wang7344412 发表于 2023-11-3 23:49
您好，能否帮忙找一个断键的过渡态。我找了好久一直没找到。希望能得到您的帮助，十分感谢。 b3lyp/6-31+g( ...

平台暂时还不支持固定原子，只保留了断键部分结构进行了计算，可以参考一下：
结构优化+频率：B3LYP/6-31+G*
单点能计算：M062X/DEF2-TZVP
结果链接：https://alphacat.deepchem.cn/sha ... 31fb277f0297dcd675f

wang7344412 · 发表于 Post on 2023-11-21 00:36:39

HATRE 发表于 2023-11-17 08:09
平台暂时还不支持固定原子，只保留了断键部分结构进行了计算，可以参考一下：
结构优化+频率：B3LYP/6-3 ...

谢谢楼主！

CoCo1 · 发表于 Post on 2023-11-22 14:40:37

您好，能否帮忙找一个过渡态，成键原子：11 33；断键原子：10 11

18392667184 · 发表于 Post on 2023-11-22 15:49:48

什么时候能使用呀

18392667184 · 发表于 Post on 2023-11-22 16:00:22

两个一样的分子(自由基)，1号C和2号C结合，H3 H4 掉落形成H2.

jaywang7 · 发表于 Post on 2023-11-22 19:43:11

本帖最后由 jaywang7 于 2023-11-22 19:45 编辑

楼主能帮忙找下I2和H2O2反应生成2分子HOI的过渡态嘛，最近在算一直没算出来。用的是M062x方法，lanl08(d).0和6-311g*的混合基组，其中I用lanl08(d).0基组，氧和氢用6-311G*基组。

HATRE · 发表于 Post on 2023-11-23 10:03:56

CoCo1 发表于 2023-11-22 14:40
您好，能否帮忙找一个过渡态，成键原子：11 33；断键原子：10 11

优化+频率：B97-3c
单点能计算：M062X/DEF2-TZVP

计算结果链接：
https://alphacat.deepchem.cn/sha ... 44d9a8da86aec2db0e7

HATRE · 发表于 Post on 2023-11-27 10:36:02

jaywang7 发表于 2023-11-22 19:43
楼主能帮忙找下I2和H2O2反应生成2分子HOI的过渡态嘛，最近在算一直没算出来。用的是M062x方法，lanl08(d).0 ...

优化+频率：M062X/DEF2-TZVP
单点能计算：PWPB95/DEF2-TZVPP

计算结果可以参考一下：
https://alphacat.deepchem.cn/sha ... d04a93e4a33e22a98c3

msbc · 发表于 Post on 2023-12-7 15:16:01

您好，能否帮忙找一个过渡态。成键：4 8；断键7 8。

Walter · 发表于 Post on 2023-12-7 19:00:14

楼主能帮忙找下抽氢反应的过渡态嘛，最近在找但一直没找出来。用的是M062x方法，6-31+g(d,p)的基组，断键原子：9和35，成键原子：35和36。十分感谢楼主。

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[算法与编程] 编写了一个过渡态寻找程序，求测试例子