编写了一个过渡态寻找程序，求测试例子

mettlyz · 发表于 Post on 2023-2-2 16:05:52

本帖最后由 mettlyz 于 2023-8-10 10:50 编辑

Voidmio 发表于 2023-1-30 17:33
前段时间做的两个烯丙基化的例子，Roush的体系大点，两个结构都是优化好的过渡态，可以玩玩。

用xtb2+双杂化跑的，等有时间再跑跑高一点精度的

小体系：
https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... 6208a0d977c9d34ffe5

大体系:
https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... 3a18159cd0ccecb8530

mettlyz · 发表于 Post on 2023-2-2 16:35:51

再发一些有挑战性的例子吧

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-2 16:48:13

下文介绍的Chem. Eur. J. 2022, 28, e202103815文中有18碳环解离反应
深入揭示18碳环的重要衍生物C18-(CO)n的电子结构和光学特性
http://sobereva.com/640 （http://bbs.keinsci.com/thread-29281-1-1.html）

文章SI的Table S1给了反应物坐标，Table S3是过渡态坐标

chem202103815-sup-0001-misc_information.pdf (1.23 MB, 下载次数 Times of downloads: 11)

下文介绍的Carbon 187 (2022) 78-85文中有锂原子迁移反应
理论设计由18碳环与锂原子构成的电场可控的光学开关
http://sobereva.com/630（http://bbs.keinsci.com/thread-27232-1-1.html）

Table S1给了三个驻点的坐标

1-s2.0-S0008622321010745-mmc1.docx (1.51 MB, 下载次数 Times of downloads: 4)

skdmax · 发表于 Post on 2023-2-6 12:54:55

mettlyz 发表于 2023-2-2 16:05
用xtb2+双杂化跑的，等有时间再跑跑高一点精度的
小体系：http://47.98.217.61/#/detail/85566
大体系 ...

网站打不开是什么问题呢？谢谢

likejade · 发表于 Post on 2023-2-6 13:34:47

能不能提供一个使用说明呀？

mettlyz · 发表于 Post on 2023-2-6 15:35:54

本帖最后由 mettlyz 于 2023-8-16 13:51 编辑

sobereva 发表于 2023-2-2 16:48
下文介绍的Chem. Eur. J. 2022, 28, e202103815文中有18碳环解离反应
深入揭示18碳环的重要衍生物C18-(CO) ...

C18-(CO)2的反应过程:https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... 7fba00303b30e05a556，能垒同文章中的差不多，但是产物能量比反应物高了20kcal/mol，而文章中差1kca/mol左右。但是从结构上来看，反应物和产物的结构差别很大，能量只差1kcal/mol有点奇怪。
此外，我们还对此物质进行了分子轨道、静电势图等的计算：https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... 4178b51158ca59f181e；

kikisay · 发表于 Post on 2023-2-6 18:03:47

目标反应方向羟基自由基夺对位氢，感谢

mettlyz · 发表于 Post on 2023-2-6 20:51:41

做了多步过渡态功能。有非基元反应的例子可以提供一下哈

mettlyz · 发表于 Post on 2023-2-6 20:52:50

likejade 发表于 2023-2-6 13:34
能不能提供一个使用说明呀？

提供坐标电荷自旋和反应信息就可以

mettlyz · 发表于 Post on 2023-2-6 20:53:21

skdmax 发表于 2023-2-6 12:54
网站打不开是什么问题呢？谢谢

用chrome试试

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-2-7 04:15:03

本帖最后由 wzkchem5 于 2023-2-6 21:16 编辑

mettlyz 发表于 2023-2-2 09:35
再发一些有挑战性的例子吧

挑战性的例子来了
1. roaming过渡态：C2H6解离成两个CH3，其中一个CH3旋转180度，再原样接回去，这个反应的过渡态。因为C2H6解离是无垒反应，所以我说的这个过程应该是个roaming reaction，在CH3旋转90度左右的时候有一个虚频极小的过渡态。也可能反应途径上还有其他的虚频极小的过渡态，我不知道。这个反应看似无厘头，但是可以说对于估计C2H6热解的净反应速率有一定用处。

2. 本来应该是无垒反应、因为静电作用才导致有能垒的反应：-OOC-CH2-CH2-CH2-CH2-COO-解离成两个·CH2-CH2-COO-自由基，加隐式溶剂模型（溶剂是水）。本来这种简单的C-C键解离应该没有能垒，能量一直上升，但是因为静电斥力衰减速度比共价相互作用衰减速度慢，所以当C-C距离非常远时，能量一定是降低的，所以这个反应一定有过渡态，但同样也是结构非常松散的过渡态。

3. Jahn-Teller异构体的互变过渡态：C60自由基阴离子在两个等价的低对称性结构之间互变的过渡态。C60的LUMO是三重简并的，所以C60的自由基阴离子会因为Jahn-Teller效应而破坏Ih对称性，但破坏的程度极其小。所以C60的自由基阴离子必然有诸多化学等价且能量极其相近的构象，这里的任务就是找到其中任一对最接近的构象之间的互变过渡态。给的初始结构是Ih对称性的，但由群论易知过渡态的对称性低贗h对称性。初始结构是一个三重锥形交叉点，因此初始结构处的梯度不唯一且Hessian不存在，如果是简单粗暴地拿初始结构来先算个Hessian，要么会报错，要么会算出极其大的虚频。

mettlyz · 发表于 Post on 2023-2-7 08:37:03

kikisay 发表于 2023-2-6 18:03
目标反应方向羟基自由基夺对位氢，感谢

羟基的对位没有C-H。能够提供一下产物吗？或者成那两个原子之间的键。给原子编号就行。

nianbin · 发表于 Post on 2023-2-7 09:28:11

666

nianbin · 发表于 Post on 2023-2-7 09:38:31

这个反应能不能帮我测试下，谢谢

mettlyz · 发表于 Post on 2023-2-7 10:36:27

nianbin 发表于 2023-2-7 09:38
这个反应能不能帮我测试下，谢谢

少了一个氢，是H自由基吗？

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[算法与编程] 编写了一个过渡态寻找程序，求测试例子

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