编写了一个过渡态寻找程序，求测试例子

July. · 发表于 Post on 2023-3-22 21:18:45

本帖最后由 July. 于 2023-3-22 21:20 编辑

您好，能否帮忙寻找一下N2O4氨解双体水催化的过渡态结构，非常感谢！老师让寻找一个10圆环结构找了很久一直不很理想。

mettlyz · 发表于 Post on 2023-3-23 21:08:08

July. 发表于 2023-3-22 21:18
您好，能否帮忙寻找一下N2O4氨解双体水催化的过渡态结构，非常感谢！老师让寻找一个10圆环结构找了很久 ...

看不懂。反应物和产物分别是什么？

zaqxs234 · 发表于 Post on 2023-3-23 22:10:33

您好楼主，我这里有个PMS解离生成单线氧的反应，比较有意思，我自己算出来感觉不是基元反应，十分感谢~

mettlyz · 发表于 Post on 2023-3-23 22:24:02

zaqxs234 发表于 2023-3-23 22:10
您好楼主，我这里有个PMS解离生成单线氧的反应，比较有意思，我自己算出来感觉不是基元反应，十分感谢~

给个chemdraw图吧，没看懂这个反应怎么进行的

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-3-23 22:31:29

zaqxs234 发表于 2023-3-23 15:10
您好楼主，我这里有个PMS解离生成单线氧的反应，比较有意思，我自己算出来感觉不是基元反应，十分感谢~

这个确定是单分子解离出单线态氧？不是走以下这种的双分子途径？
[HOOSO3]- --> [OOSO3H]- (质子转移)
[OOSO3H]- + [HOOSO3]- --> HOOOSO3H + [SO4]2- (在[HOOSO3]-羟基氧上发生的SN2反应)
HOOOSO3H + [SO4]2- --> [OOOSO3H]- + [HSO4]- (质子转移)
[OOOSO3H]- --> [HSO4]- + 1O2 (消除)

zaqxs234 · 发表于 Post on 2023-3-23 23:53:33

本帖最后由 zaqxs234 于 2023-3-24 10:01 编辑

mettlyz 发表于 2023-3-23 22:24
给个chemdraw图吧，没看懂这个反应怎么进行的

您好，具体反应情况如图所示，IS-->TS-->FS，参考的NC文章单分子PMS过程

zaqxs234 · 发表于 Post on 2023-3-23 23:56:40

wzkchem5 发表于 2023-3-23 22:31
这个确定是单分子解离出单线态氧？不是走以下这种的双分子途径？
[HOOSO3]- --> [OOSO3H]- (质子转移)
...

这个机理方面我也不是很清楚，看老师您写的双分子途径感觉比我这个单分子途径更合理一些，我可以试一下两种情况计算看看反应能垒

zaqxs234 · 发表于 Post on 2023-3-23 23:59:23

zaqxs234 发表于 2023-3-23 23:53
您好，具体反应情况如图所示，IS-->TS-->FS，参考的NC文章单分子PMS过程

因为我也不太清楚非基元反应的过程，就先按基元反应的过程来初猜的

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-3-24 00:31:13

zaqxs234 发表于 2023-3-23 16:53
您好，具体反应情况如图所示，IS-->TS-->FS，参考的NC文章单分子PMS过程

这个有基底和产物的吸附作用拉动反应进行，对于没有基底吸附或基底只有非共价吸附的情形未必有借鉴意义。
此外我对这个机理比较怀疑，作者有没有证明基底和过氧键直接作用，比作者提出的机理更不利？很多人所谓做计算验证机理就是把他们设想的机理算一下，算通了就发表，但是不去证明其他机理比他们推测的机理更难发生，这样的话他们至多只能证明他们设想的机理存在，但是对反应的贡献多大，也许只有万分之一？亿分之一？都有可能。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-3-24 00:37:22

zaqxs234 发表于 2023-3-23 16:56
这个机理方面我也不是很清楚，看老师您写的双分子途径感觉比我这个单分子途径更合理一些，我可以试一下两 ...

可以查一下其他的过氧化合物生成单线态氧的反应的机理，比如看一下https://en.wikipedia.org/wiki/Singlet_oxygen，可以看到R-O-O-O-R'结构是非光照条件下产生单线态氧的一个常见途径

July. · 发表于 Post on 2023-3-24 10:00:34

本帖最后由 July. 于 2023-3-24 10:01 编辑

mettlyz 发表于 2023-3-23 21:08
看不懂。反应物和产物分别是什么？

不好意思老师没有表述清楚，我的反应是N2O4 + NH3 → HNO3 + NH2NO 双体水作为催化剂

mettlyz · 发表于 Post on 2023-3-24 17:27:37

July. 发表于 2023-3-24 10:00
不好意思老师没有表述清楚，我的反应是N2O4 + NH3 → HNO3 + NH2NO 双体水作为催化剂

什么是双体水？这是哪来的词？看不懂。两个水分子吗？

July. · 发表于 Post on 2023-3-24 19:47:10

mettlyz 发表于 2023-3-24 17:27
什么是双体水？这是哪来的词？看不懂。两个水分子吗？

是的老师两个水分子（Water dimer）作为催化剂

mettlyz · 发表于 Post on 2023-3-27 20:05:46

本帖最后由 mettlyz 于 2023-8-14 10:22 编辑

jerrybox 发表于 2023-3-22 09:24
能否算一下二异丙醚的核磁氢谱看看

有这个功能
https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... 666952fe79e3c3536ea

Tracy_forward · 发表于 Post on 2023-3-30 10:23:14

帮忙找一下这个反应的过渡态，反应物和产物已添加到附件中

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[算法与编程] 编写了一个过渡态寻找程序，求测试例子