动力学模拟分析化合物溶剂化半径的问题

果果123 · 发表于 Post on 2023-2-16 20:01:31

我这面想要计算化合物的溶剂化半径，之前使用Gromacs 模拟了1个溶质分子[V6O7(OCH3)12] 、100个[NBu]4[PF6]、1650个乙腈分子的10ns的NVT体系。
问题1：在使用Multiwfn计算溶质分子体积时，优化溶质分子时，是否需要加上溶剂化模型？
问题2：参考了文献计算水合半径的时候，先估算了分子的直径，之后作出该分子末端的O与水中的H、水中的O的径向分布函数从而来估算水合半径。那么在我的这个体系中，应当如何进行估算呢，以分子末端的O为起始点，怎么确定终点位置呢？或者这个方法不行，还有其他的方法吗？

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-17 03:32:05

1 无所谓，不会对优化的结果产生多大影响

2 此溶质的水合半径在我看来没有唯一的定义方式。因为并不是水分子完全在球形的溶质外围分布，在甲氧基附近也可以贴着V6O7分布，而且O也不是溶质最外侧的末端原子。只能自己定义一个（或多个）对当前体系有意义的参数来讨论。

果果123 · 发表于 Post on 2023-2-17 08:40:53

sobereva 发表于 2023-2-17 03:32
1 无所谓，不会对优化的结果产生多大影响

2 此溶质的水合半径在我看来没有唯一的定义方式。因为并不是水 ...

好的感谢sob老师

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