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[GROMACS] gromacs怎么做多肽-蛋白复合物分子动力学模拟

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分子对接的多肽-蛋白复合物,怎么用gmx做该复合物的分子动力学模拟,流程和官网教程的蛋白配体复合物分子动力学模拟有什么区别呀

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发表于 Post on 2023-2-24 05:48:22 | 只看该作者 Only view this author
相当于跑两个蛋白质而已
不需要效仿蛋白质+配体的教程或者我讲的GROMACS培训班里的“蛋白质-配体复合物的模拟”部分的流程,因为都不需要给小肽用sobtop等程序创建拓扑文件,直接用pdb2gmx就行了。但要注意小肽的原子名必须符合IUPAC的标准定义,不符合就自己改,否则pdb2gmx没法直接处理。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-24 10:10:59 | 只看该作者 Only view this author
谢谢呢!
还有一个问题想请教您,需要像教程里面一样构建蛋白-多肽复合物的拓扑结构吗

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发表于 Post on 2023-9-7 17:46:37 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xiejuan 于 2023-9-7 17:50 编辑

请问蛋白质-蛋白质-配体计算RMSD的时候,到130ns左右RMSD陡升又回归正常(如图),是周期性边界条件使用-center -pbc mol -ur compact,选择蛋白质,结果不行嘛?想请问1:这个-pbc mol会只选择到两条蛋白质链中的一条嘛?2:但是我看着选择的原子数目比两条蛋白质链的原子数之和都要多,正常吗?3:如果只选择了一条链,那如何选取两条链呢?怎么给两条链做index?4:有没有可能是因为电镜结构的原因呢,同样两条链-配体的,x-ray的数据就没问题。谢谢回答!

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发表于 Post on 2024-2-27 00:30:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-2-24 05:48
相当于跑两个蛋白质而已
不需要效仿蛋白质+配体的教程或者我讲的GROMACS培训班里的“蛋白质-配体复合物的 ...

您好 老师,请问还需要按照这个步骤对配体进行限制吗http://www.mdtutorials.com/gmx/complex/06_equil.html

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发表于 Post on 2024-2-27 01:26:47 | 只看该作者 Only view this author
Ajl 发表于 2024-2-27 00:30
您好 老师,请问还需要按照这个步骤对配体进行限制吗http://www.mdtutorials.com/gmx/complex/06_equil.h ...

一般没必要。如果发现不做限制时配体跑了之类,到时候再说
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-3-31 20:11:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-2-24 05:48
相当于跑两个蛋白质而已
不需要效仿蛋白质+配体的教程或者我讲的GROMACS培训班里的“蛋白质-配体复合物的 ...

请问sob老师,把小分子肽UNL命名改成什么才能被pdb2gmx识别呀?

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发表于 Post on 2025-4-1 00:05:30 | 只看该作者 Only view this author
刘梦琪 发表于 2025-3-31 20:11
请问sob老师,把小分子肽UNL命名改成什么才能被pdb2gmx识别呀?

残基名随便,关键是rtp里必须有对应的残基的定义
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