谈谈量子化学中基组的选择

wzkchem5

danni511 发表于 2022-1-6 06:58
我算的Cu2+Ar2，电荷和自旋多重度设的是2,2，您看对吗，谢谢

是CuAr2还是Cu2Ar2？Cu2Ar2不可能电荷为2且自旋多重度为2。
另外我们必须知道你的研究目的，才能判断电荷和自旋多重度设得对不对，光知道分子式是不够的。比如同样是研究H2，如果研究基态势能面，自旋多重度应该设为1，如果研究第一三重态激发态，自旋多重度应该设为3，如果你只告诉我们你要算H2，却隐瞒了你要算的是第一三重态激发态，别人告诉你的自旋多重度就会是错的，因为别人默认你算的是基态。总之，不确定怎么判断电荷和自旋多重度没关系，但是必须知道必须给哪些信息才能唯一地确定电荷和自旋多重度，这个是你需要自学去了解的，不然条件不足，别人要么没法答，要么答错。

danni511

wzkchem5 发表于 2022-1-6 16:58
是CuAr2还是Cu2Ar2？Cu2Ar2不可能电荷为2且自旋多重度为2。
另外我们必须知道你的研究目的，才能判断电 ...

非常感谢您的回复，是我说的不够全面，我想几何结构优化寻找一个正二价铜离子和两个氩原子组成团簇的基态结构，但我用几种方法优化后得到的基态结构与其他文献中的基态结构不同。

wzkchem5

danni511 发表于 2022-1-6 16:49
非常感谢您的回复，是我说的不够全面，我想几何结构优化寻找一个正二价铜离子和两个氩原子组成团簇的基态 ...

贴你的完整输入输出文件以及完整的文献原文pdf，把文献原文里面分子结构以及计算理论级别相关的表述标出来

scf

danni511 发表于 2022-1-6 23:49
非常感谢您的回复，是我说的不够全面，我想几何结构优化寻找一个正二价铜离子和两个氩原子组成团簇的基态 ...

有的文献的supporting information里有优化结构的坐标，用这个坐标和文献中的方法基组作优化，如果得到的结构在收敛标准内一致就说明能重复出文献的结果。我觉得一般先把文献结果大致重复出来再考虑其他水平的方法和其他构象，除非比文献的好很多（比如文献很老），可以直接上。

仙女儿

在进行1,2,3苯三酚的opt+fq计算时，出现了Error termination in NtrErr:的错误，且chk文件显示为1.chk，但是打不开。想求助各位老师，这种情况应该怎么办？不胜感激！
输入文件如下：
%chk=D:\Gaussian\B3LYP-D3-opt fq\bensanfen\1,2,3 bensanfen 353k opt fq.chk
#p opt freq b3lyp/6-311+g(d,p) scrf=(iefpcm,solvent=water) pop=nbo geom=connectivity em=gd3bj temperature=353

1,2,3 bensanfen 353K opt fq

0 1
C                 -0.71661464   -0.71973797    1.21763394
C                 -0.70875606    0.68241341    1.24160281
C                 -0.70521168    1.40270141    0.05329448
C                 -0.70960334    0.72637749   -1.16876705
C                 -0.71747336   -0.66628239   -1.19413142
C                 -0.72094700   -1.38923800    0.00000900
O                 -0.72005737   -1.43148146    2.38586475
H                 -0.69906491    2.48699451    0.08403432
H                 -0.70683775    1.29238400   -2.09205344
H                 -0.72091677   -1.19533371   -2.13924282
H                 -0.71614344   -0.80782228    3.12511754
O                 -0.70502995    1.24460325    2.49467127
H                 -0.69999764    2.20718317    2.44051712
O                 -0.72898596   -2.81921540    0.00003144
H                 -0.72943554   -3.13965833    0.90497129

1 2 1.5 6 1.5 7 1.0
2 3 1.5 12 1.0
3 4 1.5 8 1.0
4 5 1.5 9 1.0
5 6 1.5 10 1.0
6 14 1.0
7 11 1.0
8
9
10
11
12 13 1.0
13
14 15 1.0
15


输出文件如下：
Entering Link 1 = D:\G16W\l1.exe PID=      8244.
  
Copyright (c) 1988,1990,1992,1993,1995,1998,2003,2009,2016,
            Gaussian, Inc.  All Rights Reserved.
  
This is part of the Gaussian(R) 16 program.  It is based on
the Gaussian(R) 09 system (copyright 2009, Gaussian, Inc.),
the Gaussian(R) 03 system (copyright 2003, Gaussian, Inc.),
the Gaussian(R) 98 system (copyright 1998, Gaussian, Inc.),
the Gaussian(R) 94 system (copyright 1995, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 92(TM) system (copyright 1992, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 90(TM) system (copyright 1990, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 88(TM) system (copyright 1988, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 86(TM) system (copyright 1986, Carnegie Mellon
University), and the Gaussian 82(TM) system (copyright 1983,
Carnegie Mellon University). Gaussian is a federally registered
trademark of Gaussian, Inc.
  
This software contains proprietary and confidential information,
including trade secrets, belonging to Gaussian, Inc.
  
This software is provided under written license and may be
used, copied, transmitted, or stored only in accord with that
written license.
  
The following legend is applicable only to US Government
contracts under FAR:
  
                    RESTRICTED RIGHTS LEGEND
  
Use, reproduction and disclosure by the US Government is
subject to restrictions as set forth in subparagraphs (a)
and (c) of the Commercial Computer Software - Restricted
Rights clause in FAR 52.227-19.
  
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340 Quinnipiac St., Bldg. 40, Wallingford CT 06492
  
  
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the user acknowledges that Gaussian, Inc. is engaged in the
business of creating and licensing software in the field of
computational chemistry and represents and warrants to the
licensee that it is not a competitor of Gaussian, Inc. and that
it will not use this program in any manner prohibited above.
---------------------------------------------------------------
  


Cite this work as:
Gaussian 16, Revision A.03,
M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria,
M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone,
G. A. Petersson, H. Nakatsuji, X. Li, M. Caricato, A. V. Marenich,
J. Bloino, B. G. Janesko, R. Gomperts, B. Mennucci, H. P. Hratchian,
J. V. Ortiz, A. F. Izmaylov, J. L. Sonnenberg, D. Williams-Young,
F. Ding, F. Lipparini, F. Egidi, J. Goings, B. Peng, A. Petrone,
T. Henderson, D. Ranasinghe, V. G. Zakrzewski, J. Gao, N. Rega,
G. Zheng, W. Liang, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda,
J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai,
T. Vreven, K. Throssell, J. A. Montgomery, Jr., J. E. Peralta,
F. Ogliaro, M. J. Bearpark, J. J. Heyd, E. N. Brothers, K. N. Kudin,
V. N. Staroverov, T. A. Keith, R. Kobayashi, J. Normand,
K. Raghavachari, A. P. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar,
J. Tomasi, M. Cossi, J. M. Millam, M. Klene, C. Adamo, R. Cammi,
J. W. Ochterski, R. L. Martin, K. Morokuma, O. Farkas,
J. B. Foresman, and D. J. Fox, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2016.

******************************************
Gaussian 16:  EM64W-G16RevA.03 17-Dec-2016
                07-Jan-2022
******************************************
%chk=D:\Gaussian\B3LYP-D3-opt fq\bensanfen\1,2,3 bensanfen 353k opt fq.chk
Bad file opened by FileIO:  Unit=2 NFiles=         0 MaxFFi=     10000.
FileIO: IOper= 9 IFilNo(1)=     2 Len=           0 IPos=           0 Q=       5370579280




dumping /fiocom/, unit = 1 NFiles =     1 SizExt =    524288 WInBlk =       512
                   defal = F LstWrd =       67072 FType=2 FMxFil=10000


Number              0
Base            40448
End             67072
End1            67072
Wr Pntr         40448
Rd Pntr         40448
Length          26624
Int.Num             1
Bad file opened by FileIO:  Unit=2 NFiles=         0 MaxFFi=     10000.
FileIO: IOper= 9 IFilNo(1)=     2 Len=           0 IPos=           0 Q=       5370579280
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.

danni511

wzkchem5 发表于 2022-1-7 01:32
贴你的完整输入输出文件以及完整的文献原文pdf，把文献原文里面分子结构以及计算理论级别相关的表述标出 ...

文献中的方法、基组和结构我用高亮线标出来了，文献1比较早了，用gaussian98算的呢，文献2是Cu和Rn构成的团簇，Cu（II）Rn2的对称性和文献1中Cu（II）Ar2对称性一样，麻烦您帮助看一下我计算的有没有问题，谢谢

danni511

scf 发表于 2022-1-7 02:56
有的文献的supporting information里有优化结构的坐标，用这个坐标和文献中的方法基组作优化，如果得到的 ...

感谢您的回复和建议，我看的文献里没有supporting information，我用文献中的方法和基组再试试

wzkchem5

danni511 发表于 2022-1-7 15:16
文献中的方法、基组和结构我用高亮线标出来了，文献1比较早了，用gaussian98算的呢，文献2是Cu和Rn构成的 ...

你的计算结果有虚频，先消虚频再说。
另外如果要和文献对比，最好选取和文献完全一样的泛函和基组

snljty

路径，不管是输入文件还是chk都不要带逗号，最好也不要有空格。特殊符号都尽量不要有，最理想是只有数字字母下划线，第一个字符不是数字，这在几乎任何场合都不会出错。具体到文件名，有连字符和首字符是数字是没问题的。

scf

文献里的基组有ecp，从basis set exchange上看def2-tzvp没有ecp，可能算铜有一些差别。另外文献用的MP4(SDQ)/CCSD(T)包括了色散修正，B3LYP基本没有，而且比MP2更高阶一些。

danni511

wzkchem5 发表于 2022-1-7 22:44
你的计算结果有虚频，先消虚频再说。
另外如果要和文献对比，最好选取和文献完全一样的泛函和基组

我算的这个是对称性是Dinfh的结构，有一个虚频，消虚频后基态几何结构具有C2V对称性了，和文献中基态结构具有Dinfh的结果不一样，请问这种不同方法和基组优化出来的基态结构不一样的情况，最后基态结构看哪个呀，谢谢

wzkchem5

danni511 发表于 2022-1-7 16:37
我算的这个是对称性是Dinfh的结构，有一个虚频，消虚频后基态几何结构具有C2V对称性了，和文献中基态结构 ...

首先确认一下，你的目的到底是重复文献，还是尽量得到精确的结构，还是两者都要？
如果要重复文献，理论级别必须和文献一致，如果不一致，讨论为什么优化结构不一样是没有意义的。

danni511

wzkchem5 发表于 2022-1-8 01:20
首先确认一下，你的目的到底是重复文献，还是尽量得到精确的结构，还是两者都要？
如果要重复文献，理论 ...

我是想尽量获得精确的基态结构，发现跟文献中的基态竟然不一样，就想不明白为什么了

wzkchem5

danni511 发表于 2022-1-8 05:08
我是想尽量获得精确的基态结构，发现跟文献中的基态竟然不一样，就想不明白为什么了

那你再用文献的方法严格重复一下文献，这样就知道是文献选的理论级别不合理，还是你重复文献的时候有的地方没搞对

danni511

wzkchem5 发表于 2022-1-8 16:39
那你再用文献的方法严格重复一下文献，这样就知道是文献选的理论级别不合理，还是你重复文献的时候有的地 ...

好的，非常感谢您的回复。