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[GROMACS] 求问使用gmx_mmpbsa(李继存脚本)的结合能结果分析方法

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求问
1、在使用gmx_mmpbsa(李继存脚本)分析蛋白配体复合物结合能后,该怎么分析计算结果
2、计算结果绘图方法
3、如何引用方法至文章
4、此方法是否可行

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发表于 Post on 2023-3-13 21:18:32 | 只看该作者 Only view this author
https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/dev/上面有充分的教程、引用说明
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-16 17:13:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-13 21:18
https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/dev/上面有充分的教程、引用说明

您好,感谢回答。
但是我使用的是李继存老师的脚本而不是官方的gmx
并非来自于您给出的网址

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-16 17:18:53 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 LY123 于 2023-3-16 17:19 编辑

C:\Users\Administrator\Desktop\COU.png
请问这里的“COU”库伦力是否就是“elec”静电力

COU.png (32.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

COU.png

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发表于 Post on 2023-3-16 22:29:06 | 只看该作者 Only view this author
LY123 发表于 2023-3-16 17:13
您好,感谢回答。
但是我使用的是李继存老师的脚本而不是官方的gmx
并非来自于您给出的网址

极小众程序找原作者问效率最高

GROMACS用户做MMPBSA/MMGBSA没理由不用主流、功能全面、文档和教程详细的https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/dev/。这不叫什么“官方的gmx”,本来这个程序就不是GROMACS官方开发的

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-17 09:56:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-16 22:29
极小众程序找原作者问效率最高

GROMACS用户做MMPBSA/MMGBSA没理由不用主流、功能全面、文档和教程详细 ...

好的,感谢

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发表于 Post on 2023-3-17 14:17:35 | 只看该作者 Only view this author
LY123 发表于 2023-3-16 17:18
请问这里的“COU”库伦力是否就是“elec”静电力

我也有这方面的疑问,我也觉得COU应该是ele能量,前提是键合势能忽略不计

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