求助：用vmd打开复合物的gro文件时，小分子不在蛋白质的空腔里面

wyxlfw · 发表于 Post on 2023-3-16 12:58:12

各位老师好，我在使用vmd打开复合物的gro文件时，发现小分子不在蛋白质空腔里面。
我的小分子的mol2文件是用gview加氢后生成的，随后将小分子的文件转移到ATB网站去生成小分子的itp与pdb文件，小分子的itp与gro文件分别来自ATB网站的GROMACS G54A7FF ALL-Atom（ITP file）和ALL-Atom PDB（optimised geometry），然后用gmx editconf -f xx.pdb -o xx.gro，生成的小分子的gro文件，接着将蛋白质的gro文件和小分子的gro保存为复合物的gro，但是这时候用VMD打开复合物的gro文件时，却发现小分子不在蛋白质的空腔里面，这是怎么回事呢？希望得到各位老师的解答。
附件里放着我的文件。

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-17 03:56:59

搞清楚每一步坐标是怎么变化的，有的过程会对分子位置做平移

建议用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生配体拓扑文件，输入的结构里坐标是什么样，产生的gro文件坐标还是什么样

wyxlfw · 发表于 Post on 2023-3-18 11:15:29

sobereva 发表于 2023-3-17 03:56
搞清楚每一步坐标是怎么变化的，有的过程会对分子位置做平移

建议用sobtop（http://sobereva.com/soft/S ...

社长好，我昨天用您的方法试了，发现在能量极小化时出现了以下警告，我就按照社长之前的有关这个问题的回复做了检查。我在单独使蛋白质能量极小化时，也出现了以下的警告，我就推测是蛋白质的初始结构有问题，可是我该如何更改蛋白质的初始结构呢？

Listed nonbonded interaction between particles 14786 and 14895 at distance 3.338 which is larger than the table limit 2.200 nm.

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This is likely either a 1，4 interaction, or a listed interaction inside a smaller molecule you are decoupling during a free energy calculation. Since interactions at distances beyond the table cannot be computed, they are skipped until they are inside the table limit again. You will onlyseethis message once, even if it occurs for several interactions IMPORTANT:This should not happen in a stable simulation, so there is D probablysomething wrong with your system. Only change the table-extension distance in the mdp file if you are really sure that is the reason.

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-18 13:38:45

wyxlfw 发表于 2023-3-18 11:15
社长好，我昨天用您的方法试了，发现在能量极小化时出现了以下警告，我就按照社长之前的有关这个问题的回 ...

如果一开始就出现，仔细看看初始结构里提示中的两个原子是什么关系

中途出现的话可能崩了

wyxlfw · 发表于 Post on 2023-3-18 15:30:34

sobereva 发表于 2023-3-18 13:38
如果一开始就出现，仔细看看初始结构里提示中的两个原子是什么关系

中途出现的话可能崩了

社长下午好，它就是一开始出现的，我该如何查看两个原子之间的关系呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-19 20:45:13

wyxlfw 发表于 2023-3-18 15:30
社长下午好，它就是一开始出现的，我该如何查看两个原子之间的关系呢？

比如VMD里把那两个原子以特殊方式绘制，看看彼此间是什么关系

wyxlfw · 发表于 Post on 2023-3-20 12:38:03

sobereva 发表于 2023-3-19 20:45
比如VMD里把那两个原子以特殊方式绘制，看看彼此间是什么关系

社长好，我回去尝试了一下用VMD作图，发现这两个原子的距离很远，我看不出来它们有什么相互作用……然后我之前也拿这个蛋白和小分子跑过MD，我当时是直接忽略了能量最小化出现的这个问题，最后也是能正常MD的，我现在在想，能量最小化出现的这个问题能不能够忽略呢，还是必须要解决……希望能够得到社长的回复

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