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[GROMACS] 请问xtc magic number error有无补救办法?

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各位老师好,

我有一段长6.2微秒的轨迹,现在用gmx check发现在第3000帧处,出现了“Fatal error:Magic Number Error in XTC file (read 0, should be 1995)”。
但是检查log文件发现并没有报错,而且中途多次使用-cpi -append续跑,都没有问题。请问有补救的办法吗?能否在3000帧后截取轨迹呢?

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发表于 Post on 2023-3-21 23:20:27 | 只看该作者 Only view this author
trjconv结合-b指定读取轨迹的起始时间,跳过这一块,看是否能成功
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-22 10:35:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-21 23:20
trjconv结合-b指定读取轨迹的起始时间,跳过这一块,看是否能成功

成功了,只用-b 75000 不行,但是稍微更大一点,比如-b 90000就成功了。谢谢老师的帮助!

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