周期性边界处理问题

小伟伟

老师好，我在进行一个蛋白质模拟时，蛋白质含有一条链，我想要获得其random结构，就将温度设置为380K进行模拟，但是在最后获得结构位于盒子外面，如下图左图所示。我便使用gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1.xtc -o md_0_1_noPBC.xtc -pbc mol -center命令进行处理，选择system组居中，后来得到下图右图所示结构，显示链为断裂状态，我想请问是周期边界问题还是我参数设置导致的呢?应该如何处理呢？

sobereva

用 -pbc mol 先搞一次，观看轨迹确认蛋白确实完整了，然后对此轨迹再结合-center搞一次。不要试图一次性搞完