计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 2246|回复 Reply: 18
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[CP2K] 求助用cp2k跑MD,平衡阶段的温度偏高

[复制链接 Copy URL]

178

帖子

0

威望

645

eV
积分
823

Level 4 (黑子)

请问各位老师,我用cp2k跑的是含有几百个水分子的体系,热浴全程采用CSVR,预平衡阶段设置参数TIMECON 50,使得体系快速达到平衡,平衡阶段设置参数TIMECON 200,使得体系保持298.15K的温度,但是我跑了接近10ps后发现,温度整体偏离设置温度298.15大约20K左右(320K附近震荡),不知道此时体系算不算是298.15度下的合理平衡过程?如果不合理,是否该降低参数TIMECON 150/100 重新跑平衡过程呢?附件为输入文件和平衡阶段温度能量曲线。

图片1.png (47.65 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

平衡阶段温度

平衡阶段温度

图片2.png (58.43 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

平衡阶段能量

平衡阶段能量

图片3.png (29.05 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

预平衡阶段温度

预平衡阶段温度

图片4.png (24.3 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

预平衡阶段能量

预平衡阶段能量

Ag15 H.inp

80.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 55

输入文件

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112349

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2023-3-25 04:01:50 | 只看该作者 Only view this author
尝试正式模拟阶段用TIMECON 100
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

178

帖子

0

威望

645

eV
积分
823

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-26 10:34:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-25 04:01
尝试正式模拟阶段用TIMECON 100

谢谢老师指点,已经更改参数重新跑正式模拟阶段

178

帖子

0

威望

645

eV
积分
823

Level 4 (黑子)

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-30 20:24:36 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 chen0201 于 2023-3-30 20:26 编辑
sobereva 发表于 2023-3-25 04:01
尝试正式模拟阶段用TIMECON 100

请问老师,正式模拟阶段我已经更改为TIMECON 100 跑了接近八千步,前面温度平衡,后面又开始偏高(~10K),请问老师,这样合理吗?怎么解决呢?C:\Users\chen\Desktop\图片1.png

202303302024539764..png (57.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

TIMECON 100

TIMECON 100

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112349

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2023-4-1 05:28:20 | 只看该作者 Only view this author
chen0201 发表于 2023-3-30 20:24
请问老师,正式模拟阶段我已经更改为TIMECON 100 跑了接近八千步,前面温度平衡,后面又开始偏高(~10K) ...

继续跑

可能诸如发生了反应而放热之类,导致温度暂时性升高
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

178

帖子

0

威望

645

eV
积分
823

Level 4 (黑子)

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-1 09:20:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-1 05:28
继续跑

可能诸如发生了反应而放热之类,导致温度暂时性升高

谢谢老师耐心解答,我现在已经把10ps跑完了,最后温度还是持续偏高(~20K),请问老师,还是再继续跑吗?还是换成 Nose–Hoover thermostat继续跑,或者重新跑呢?

202304010920322354..png (45.83 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

温度图

温度图

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112349

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2023-4-2 04:38:12 | 只看该作者 Only view this author
chen0201 发表于 2023-4-1 09:20
谢谢老师耐心解答,我现在已经把10ps跑完了,最后温度还是持续偏高(~20K),请问老师,还是再继续跑吗? ...

用NOSE不会有任何额外好处,而且NOSE不太适合未达到平衡状态的模拟是众所周知的
先观察模拟体系的特征,考虑是否有什么可能令动能增加的因素
10 ps才跑了没多久,可以再跑跑。
另外值得一提的是,你的预平衡阶段跑得其实还不是很充分,其实温度还没充分平衡

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

178

帖子

0

威望

645

eV
积分
823

Level 4 (黑子)

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-11 09:15:28 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 chen0201 于 2023-4-11 09:16 编辑
sobereva 发表于 2023-4-2 04:38
用NOSE不会有任何额外好处,而且NOSE不太适合未达到平衡状态的模拟是众所周知的
先观察模拟体系的特征, ...

谢谢老师耐心回复,我观察系统,发现温度最开始上升的点,就是因为有个原子突出壳层结构了。在以前的10ps基础上我又跑了10ps,仍然是CSVR,参数 100,温度仍然偏高15K~。但是我发现我没有设置压力。请问老师,是否应该在结构开始变化的时候重新控制温度?或者说20ps以后的结构还是合理的吗?还是应该设置压力为常压下呢?

202304110915424964..png (50.98 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

10-20ps的温度

10-20ps的温度

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112349

管理员

公社社长

9#
发表于 Post on 2023-4-11 09:53:45 | 只看该作者 Only view this author
chen0201 发表于 2023-4-11 09:15
谢谢老师耐心回复,我观察系统,发现温度最开始上升的点,就是因为有个原子突出壳层结构了。在以前的10ps ...

平均温度距离参考温度差15K通常不会造成有什么实际问题,如果研究的问题对温度不是很敏感的话可以不用管

跟压力没直接关系
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

178

帖子

0

威望

645

eV
积分
823

Level 4 (黑子)

10#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-11 19:08:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-11 09:53
平均温度距离参考温度差15K通常不会造成有什么实际问题,如果研究的问题对温度不是很敏感的话可以不用管
...

谢谢老师耐心回复,现在是因为计算模拟的结构突出很多,和实验稳定性相悖,因此想控制很好的温度。另外请问老师,我需要控制压力在1bar情况下吗?

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112349

管理员

公社社长

11#
发表于 Post on 2023-4-12 09:48:30 | 只看该作者 Only view this author
chen0201 发表于 2023-4-11 19:08
谢谢老师耐心回复,现在是因为计算模拟的结构突出很多,和实验稳定性相悖,因此想控制很好的温度。另外请 ...

这种现象不会是这么点温度差异能造成的了的

控压的必要性没具体体系没法说。如果初始结构密度偏离实际太大,就开开控压
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

178

帖子

0

威望

645

eV
积分
823

Level 4 (黑子)

12#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-13 15:16:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-12 09:48
这种现象不会是这么点温度差异能造成的了的

控压的必要性没具体体系没法说。如果初始结构密度偏离实际 ...

谢谢老师耐心回复,已经了解了,后续会继续监控的,谢谢老师

178

帖子

0

威望

737

eV
积分
915

Level 4 (黑子)

13#
发表于 Post on 2023-5-10 10:03:34 | 只看该作者 Only view this author
您好,请问一下预平衡这一步是如何操作的?

178

帖子

0

威望

645

eV
积分
823

Level 4 (黑子)

14#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-10 15:25:18 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2023-5-10 10:03
您好,请问一下预平衡这一步是如何操作的?

预平衡阶段设置参数TIMECON 50

178

帖子

0

威望

737

eV
积分
915

Level 4 (黑子)

15#
发表于 Post on 2023-5-10 16:50:21 | 只看该作者 Only view this author
chen0201 发表于 2023-5-10 15:25
预平衡阶段设置参数TIMECON 50

感谢您的回复。也就是说相同的理论方法要跑两次吗?只是更改TIMECON的参数?

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-23 05:21 , Processed in 0.326157 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list