补充力场参数文件出错导致min无法进行

浅原问问

各位老师好，最近在用Amber跑动力学的时候总是遇到一个问题。用命令生成mol2文件时，总是出现这样一句话:Info: Bond types are assigned for valence state 2 with penalty of 1。但是mol2文件看不出什么异样，这样继续用mol2文件生成frcmod.文件时，frcmod文件中会有一项说有不当扭转角，但是继续生成 ionicbox.inpcrd和ionicbox.prmtop都正常，一直到能量最小化的时候，发现min只能运算一步。请问这该怎么解决呢？谢谢老师！

sobereva

你可以先跑跑MD看能否跑起来，分子结构是否能正确维持住

那个info:不用管。

当前情况是缺少一个二面角参数，于是自动套用了普适性二面角参数（只定义中间两个原子，但末尾两个原子是通配的），未必不合理。