TRAPPE_small力场包

喵星大佬 · 发表于 Post on 2025-3-20 22:44:11

thor 发表于 2025-2-3 20:12
这个结果异常是指什么呢，我看到很多文章（气体分离）模拟CO2用的TraPPE力场，没有提到增加额外的虚拟质 ...

那个只是为了能顺利模拟进行的修改，跟原版是等价的，实际上并没有可以约束三点共线并兼容热浴的方法，所以不这么改应该是不能跑起来的，模拟完了作图不展示虚拟点也是很正常的

喵星大佬 · 发表于 Post on 2025-3-20 22:44:57

raku 发表于 2025-3-20 19:38
请教老师，在使用您制作的itp和pdb模拟NH3时，
总是提示SHAKE is not supported with domain decompositio ...

我并没有碰到过这种问题，你是不是和其他分子一起用了

raku · 发表于 Post on 2025-3-21 13:09:20

喵星大佬发表于 2025-3-20 22:44
我并没有碰到过这种问题，你是不是和其他分子一起用了

没有的，纯NH3就这样提示

raku · 发表于 Post on 2025-3-21 13:16:02

喵星大佬发表于 2025-3-20 22:44
我并没有碰到过这种问题，你是不是和其他分子一起用了

找到问题了：Apple M1芯片不能这样。使用Windows电脑或者Linux就好了

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[GROMACS] TRAPPE_small力场包