TRAPPE_small力场包

喵星大佬 · 发表于 Post on 2025-3-20 22:44:11

thor 发表于 2025-2-3 20:12
这个结果异常是指什么呢，我看到很多文章（气体分离）模拟CO2用的TraPPE力场，没有提到增加额外的虚拟质 ...

那个只是为了能顺利模拟进行的修改，跟原版是等价的，实际上并没有可以约束三点共线并兼容热浴的方法，所以不这么改应该是不能跑起来的，模拟完了作图不展示虚拟点也是很正常的

喵星大佬 · 发表于 Post on 2025-3-20 22:44:57

raku 发表于 2025-3-20 19:38
请教老师，在使用您制作的itp和pdb模拟NH3时，
总是提示SHAKE is not supported with domain decompositio ...

我并没有碰到过这种问题，你是不是和其他分子一起用了

raku · 发表于 Post on 2025-3-21 13:09:20

喵星大佬发表于 2025-3-20 22:44
我并没有碰到过这种问题，你是不是和其他分子一起用了

没有的，纯NH3就这样提示

raku · 发表于 Post on 2025-3-21 13:16:02

喵星大佬发表于 2025-3-20 22:44
我并没有碰到过这种问题，你是不是和其他分子一起用了

找到问题了：Apple M1芯片不能这样。使用Windows电脑或者Linux就好了

叶梦妹 · 发表于 Post on 2025-9-11 14:57:39

您好，我想问一下这里的分子力场模拟纯二氧化碳水合物的话，我看上面有说在常温常压下模拟过，那我的温度设270K，压强650bar/500bar能成功吗

pptly12 · 发表于 Post on 2025-11-12 10:08:31

喵星大佬发表于 2025-3-20 22:44
那个只是为了能顺利模拟进行的修改，跟原版是等价的，实际上并没有可以约束三点共线并兼容热浴的方法，所 ...

谢谢老师分享的CO2结构文件与计算方法。我用您的方法经过能量最小化、NVT、NPT之后CO2是323K，3.4MPA，密度的误差仅3%（按照传统的CO2结构，密度误差18~20%），然后再使用NVT降温至253K的时候，CO2还是呈现气相分布，没能凝聚成团簇，是您说的不能兼容热浴引起的么。谢谢老师

喵星大佬 · 发表于 Post on 2025-11-16 14:17:05

pptly12 发表于 2025-11-12 10:08
谢谢老师分享的CO2结构文件与计算方法。我用您的方法经过能量最小化、NVT、NPT之后CO2是323K，3.4MPA，密 ...

并不是，传统的三点CO2模型要约束为刚性是只能nve的，这种5点的是可以正常用热浴的。
这套参数应该是给超临界相变开发的未必适用你的条件

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