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[Amber] 求助:使用Amber进行SASA分析出现负值

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各位老师好,我使用Amber对蛋白质配体复合物进行MD模拟,然后准备对轨迹进行SASA分析,然后出现了负值(-1),感觉这应该不是正常现象吧,想问老师们,我应该怎么办?

图分别是我的输入文件,以及得到的结果做的图。

麻烦各位老师了,谢谢


5fefa779e8ba30b96218790319064ee.png (9.16 KB, 下载次数 Times of downloads: 27)

输入文件

输入文件

634f6aab13b23c7345e5bc0218adec5.png (22.43 KB, 下载次数 Times of downloads: 26)

结果图

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发表于 Post on 2023-4-14 21:57:23 | 只看该作者 Only view this author
你好 我也遇到了同样的问题 请问解决了吗

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发表于 Post on 2023-4-15 01:05:50 | 只看该作者 Only view this author
结合轨迹图像判断是什么可能原因

如果轨迹本身看上去没问题,可以用VMD算各帧的SASA,肯定不会有这种问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-16 09:49:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-15 01:05
结合轨迹图像判断是什么可能原因

如果轨迹本身看上去没问题,可以用VMD算各帧的SASA,肯定不会有这种问 ...

谢谢老师的回答,我去试试

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发表于 Post on 2023-4-16 11:54:11 | 只看该作者 Only view this author
amber 計算SASA蠻有問題的建議使用FREESASA(https://freesasa.github.io/)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-16 19:43:50 | 只看该作者 Only view this author
c00jsw00 发表于 2023-4-16 11:54
amber 計算SASA蠻有問題的建議使用FREESASA(https://freesasa.github.io/)

好嘞,谢谢您的建议,我去试试

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