基于Multiwfn的分子机器学习助手：MultiwfnMLhelper

luchen · 发表于 Post on 2023-6-10 22:14:40

luchen 发表于 2023-6-10 22:01
请问这个脚本是否可以更改使之对molden文件进行计算

已解决

yumingsuxmu · 发表于 Post on 2023-6-12 09:56:34

luchen 发表于 2023-6-10 22:01
请问这个脚本是否可以更改使之对molden文件进行计算

当然可以

flyingchow · 发表于 Post on 2023-7-13 08:52:05

如果有一天，Multiwfn有一个完整的python api接口就好了。直接导出各种描述符到numpy array，便于各种炼丹操作。

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-13 09:37:26

flyingchow 发表于 2023-7-13 08:52
如果有一天，Multiwfn有一个完整的python api接口就好了。直接导出各种描述符到numpy array，便于各种炼丹 ...

不会有
用命令行运行然后提取数据一点也不费事
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612（http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html）

EdenWuu · 发表于 Post on 2023-7-16 15:35:06

补充一下描述符的解释：
1. MPP：Maximum Positive Potential --> Molecular planarity parameter 分子平面性参数;
2. SDP：Surface-Derived Polarization --> Span of deviation from plane 偏离平面跨度。
参考：sobereva.com/601

dingweilu · 发表于 Post on 2023-8-17 10:03:12

最近使用MultiwfnMLhelper.py批量提取描述符，我的体系是离子，自旋多重度不为1，在提取"HOMO-LUMO gap"的时候报错显示"Error: local variable 'homo_lumo_gap' referenced before assignment"。我换了一个自旋多重度为1的分子进行测试，发现脚本可以顺利执行。对比Multiwfn做surface analysis的输出，发现对于自旋多重度为1的体系，"HOMO-LUMO gap"仅有一行内容（如下图1所示），而对于自旋多重度不为1的体系，"HOMO-LUMO gap"存在"HOMO-LUMO gap of alpha orbitals"和"HOMO-LUMO gap of beta orbitals"，所以按照原MultiwfnMLhelper.py中"re.search"的匹配方式查找不到，因此报错。所以大家需要根据个人实际体系，对re.search的匹配的方式稍作修改即可正常运行此代码。本人就简单粗暴的改为elif 'HOMO-LUMO gap of alpha orbitals:' in line: homo_lumo_gap = float(line.split()[5])，代码就可以顺利执行。大家可以根据自己的方式进行修改。同时感谢大家写的这个描述符提取代码，十分好用！

不会扣篮的后卫 · 发表于 Post on 2023-9-5 05:45:47

luchen 发表于 2023-6-10 22:14
已解决

老师，请问修改什么地方，可以对molden文件进行计算？

yumingsuxmu · 发表于 Post on 2023-10-3 15:36:30

不会扣篮的后卫发表于 2023-9-5 05:45
老师，请问修改什么地方，可以对molden文件进行计算？

batchspec.bat文件里，你先用notebook打开，第一行for /f %%i in ('dir *.fchk /b') do (里面的fchk四个字母改成molden，保存再运行即可

不会扣篮的后卫 · 发表于 Post on 2023-10-5 01:26:50

yumingsuxmu 发表于 2023-10-3 15:36
batchspec.bat文件里，你先用notebook打开，第一行for /f %%i in ('dir *.fchk /b') do (里面的fchk四个 ...

谢谢老师，我再去研究一下。

不会扣篮的后卫 · 发表于 Post on 2023-10-21 11:24:55

yumingsuxmu 发表于 2023-10-3 15:36
batchspec.bat文件里，你先用notebook打开，第一行for /f %%i in ('dir *.fchk /b') do (里面的fchk四个 ...

老师，您好。
我按照您的建议，使用MultiwfnMLhelper成功读取molden文件，跑出文本文件。但是没有产生了csv文件。请问老师可以分析一下没有产生csv文件的原因吗？（附上C60的输入molden和输出文本文件）

不会扣篮的后卫 · 发表于 Post on 2023-11-3 02:22:10

luchen 发表于 2023-6-10 22:14
已解决

老师，您好。
请问您可以指导如何使用molden文件，结合MultiwfnMLhelper，生成csv文件吗？

yumingsuxmu · 发表于 Post on 2023-11-6 19:45:21

不会扣篮的后卫发表于 2023-11-3 02:22
老师，您好。
请问您可以指导如何使用molden文件，结合MultiwfnMLhelper，生成csv文件吗？

我看了你的文件，我发现你这个分子想必是太大了，导致有些位置的数值读取格式发生了变化，代码无法识别。一处是txt里面，我手动改了quadrupole_moment之后加了一个空格（懒得改源码了），另一处是代码93行new_str = line.split(' Minimal value: ')[1]里面的value:后的空格删了一个。然后就可以生成csv了

不会扣篮的后卫 · 发表于 Post on 2023-11-6 21:38:20

本帖最后由不会扣篮的后卫于 2023-11-6 21:40 编辑

yumingsuxmu 发表于 2023-11-6 19:45
我看了你的文件，我发现你这个分子想必是太大了，导致有些位置的数值读取格式发生了变化，代码无法识别。 ...

老师，不好意思。我太菜了，没有找到您说的txt和代码文件位置。请问您可以再详细说说修改哪个txt和代码文件吗？

yumingsuxmu · 发表于 Post on 2023-11-7 20:09:07

最后结果是这样：

不会扣篮的后卫 · 发表于 Post on 2023-11-7 22:27:43

本帖最后由不会扣篮的后卫于 2023-11-7 22:50 编辑

yumingsuxmu 发表于 2023-11-7 20:09
最后结果是这样：

感谢老师提供的输出文件。学生想请教您再讲解这两个问题。问题1.您手动在txt文件里面改了quadrupole_moment之后加了一个空格，请问是哪一个txt文件？问题2.“代码93行new_str = line.split(' Minimal value: ')[1]里面的value:后的空格删了一个”，请问这个操作是在哪个程序或者代码文件里完成的？

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[Multiwfn资源与经验] 基于Multiwfn的分子机器学习助手：MultiwfnMLhelper