求解将小分子放入碳纳米管内的方法

wad · 发表于 Post on 2023-4-11 22:22:37

各位大佬、社长好，

  我希望在GROMACS下将数个小分子（尺寸略小于碳纳米管的直径，所以不算特别小的分子）放入/插入到碳纳米管内的空间中。

一个一个地按顺序插入，最好它们的位向一致，而不是随机的取向，然后加电场观察输运动力学。

  我的问题是：有没有什么好的办法来把分子插入碳管内？目前我有了碳纳米管的GRO文件，包含了相应坐标，模拟的时候也会对碳管做位置限制。

我想到的一种是利用gmx insert-molecules，但是我对生成的位置、位向的具体操作比较模糊。

  谢谢指教！

aaq2800 · 发表于 Post on 2023-4-12 08:20:20

本帖最后由 aaq2800 于 2023-4-12 08:23 编辑

一些能观看结构的软件都能进行这种结构搭建吧，gaussview, MS。。。不过尺寸略小于碳纳米管的直径恐怕不行吧，我觉得距离至少得1.5A以上，不然结构优化，管子变形会比较严重

wangzhe · 发表于 Post on 2023-4-12 11:44:29

之前做分子间scan的时候写了一个Python script（https://github.com/wongzit/intScan），给出两个分子坐标，扫描的步数和stepsize可以生成各点的坐标。
可以改一下，生成一系列坐标之后把多余的碳纳米管的坐标删掉只保留一个，然后把小分子的坐标贴到同一个文件里，应该可以达到你想要的效果。附件是一个扫描C60和10CPP的例子，坐标里的ghost atom是为了定位用的。

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-12 13:30:08

gview、VMD等都可以实现，所见即所得
用genmer也可以实现
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

gmx insert-molecules同样可以实现，通过-ip指定一个文本文件，里面记录被插入的分子要出现的XYZ坐标

wad · 发表于 Post on 2023-4-12 13:32:50

aaq2800 发表于 2023-4-12 08:20
一些能观看结构的软件都能进行这种结构搭建吧，gaussview, MS。。。不过尺寸略小于碳纳米管的直径恐怕不行 ...

谢谢

wad · 发表于 Post on 2023-4-12 13:46:19

wangzhe 发表于 2023-4-12 11:44
之前做分子间scan的时候写了一个Python script（https://github.com/wongzit/intScan），给出两个分子坐标 ...

谢谢

wad · 发表于 Post on 2023-4-12 13:49:39

sobereva 发表于 2023-4-12 13:30
gview、VMD等都可以实现，所见即所得
用genmer也可以实现
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结 ...

谢谢社长，很有帮助

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