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[GROMACS] 怎么给溶剂分子聚类

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我想要把邻近的溶剂分子进行聚类,
比如三个五个溶剂分子组成一个cluster那种,
大量分子数,大量聚类数,
请问该用什么方法?求指导

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发表于 Post on 2016-7-1 12:16:04 | 只看该作者 Only view this author
你指的是对于单一结构(只考虑一帧),把每最邻近的三五个溶剂分子归成一个簇?
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-1 12:37:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-7-1 12:16
你指的是对于单一结构(只考虑一帧),把每最邻近的三五个溶剂分子归成一个簇?

我要做的是给整个轨迹,把最邻近的三五个分子归成一簇……不过只考虑一帧的也想了解,至少可以提供思路

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发表于 Post on 2016-7-2 00:51:40 | 只看该作者 Only view this author
可能有现成的程序,可以搜搜,自己写的话,可以这样:
设立一个距离矩阵,i,j矩阵元就是i与j分子间最近的原子间的距离
然后反复扫描整个分子列表。每次把第一个扫描到的没有被挑出来的分子和与它距离最近(同时也要小于一定阈值,比如4埃)的三个分子挑出来作为一个簇,然后再次循环分子列表,再次找第一个没被挑出来的分子,挑出最邻近且不太远的三个,反复如此。最后可能还剩一些零零散散的分子没能被归簇,把这些再归入与之距离最近的簇。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-4 10:14:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-7-2 00:51
可能有现成的程序,可以搜搜,自己写的话,可以这样:
设立一个距离矩阵,i,j矩阵元就是i与j分子间最近的 ...

多谢Sob老师!现在正在尝试用kmeans这种老办法,想试试看

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