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发表于 Post on 2023-4-23 15:09:03 | 只看该作者 Only view this author
你是问大肠杆菌里的某个酶吧?
上哪也找不到整个细菌的全原子模型啊

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Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2023-4-23 20:18:35 | 只看该作者 Only view this author
如果要大肠杆菌里某个蛋白的坐标文件,去RCSB(http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do)上搜
实际计算研究都是研究细菌里的生物大分子,不可能研究整个细菌。诸如我这篇文章里用分子动力学研究了大肠杆菌酪氨酸激酶活性位点:Biochemistry, 48, 7986-7995 (2009)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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喵星人

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发表于 Post on 2023-4-24 13:16:08 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 喵星大佬 于 2023-4-24 13:25 编辑

大肠杆菌的确实是没有,但是支原体的细胞质模型倒是真的有
eLife 2016, 5, e19247里面跑了这个模型,有大概100 nm^3,1亿原子,但是只是支原体细胞质的一部分
模型在J. Mol. Graphics Modell. 2015, 58, 1这个文章里说了,但是在哪能弄到你要去找一下了,估计是有的话也是pdb的格式
细胞级的模拟其实也有,不过是NAMD的开发者在超算上玩的
http://www.ks.uiuc.edu/Highlight ... p;highlight=2020-05

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