纯水单个温敏蛋白体系跑nvt系综1000ns md平衡提交超算出现水分子不可以settled错误

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2023-4-24 16:44:43

okle666666 发表于 2023-4-24 14:51
老师对于温敏蛋白的这种体系要做不同温度下蛋白rg 是不是应该用npt呢目前跑一组npt 1000ns rmsd波动性 ...

NPT涉及到控压，RMSD比NVT大一些很正常。尽量用NPT，我之前还以为你要模拟超过100℃的情况才特意选用NVT…

okle666666 · 发表于 Post on 2023-4-24 17:30:23

Entropy.S.I 发表于 2023-4-24 16:44
NPT涉及到控压，RMSD比NVT大一些很正常。尽量用NPT，我之前还以为你要模拟超过100℃的情况才特意选用NVT ...

好的3q老师

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 纯水单个温敏蛋白体系跑nvt系综1000ns md平衡提交超算出现水分子不可以settled错误