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[GROMACS] 求助gromacs模拟固体与水溶液表面的冻结问题

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在做固体与水溶液表面模拟时,冻结了固体分子来观察水分子的排布情况,可是固定的部分原子发生了移动,这是什么原因导致的呢?谢谢解答



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模拟后

模拟后

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模拟前

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发表于 Post on 2023-4-25 19:29:58 | 只看该作者 Only view this author
先认真理解一下PBC
- 向着虚无前进 -

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发表于 Post on 2023-4-25 23:17:24 | 只看该作者 Only view this author
别在标题里自己写【GROMACS】这种标签,给你去了,以后注意!
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2023-4-26 06:49:23 | 只看该作者 Only view this author
由于受力计算误差,体系整体可能逐渐发生轻微的(虚假的)平动,很正常的事
若无特殊情况,都应当用以下设置避免这种虚假的整体平动
comm-grps           = system
comm-mode           = linear
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-26 08:40:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-26 06:49
由于受力计算误差,体系整体可能逐渐发生轻微的(虚假的)平动,很正常的事
若无特殊情况,都应当用以下设 ...

好的,明白了,谢谢老师指导!

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