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[GROMACS] grompp产生临时em.tpr时报致死性错误

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各位前辈好,最近在开始学习跑GMX,当我执行到用grompp产生一个临时em.tpr文件,为了进行下一步的添加离子的时候,遇到了致死性报错,报错信息没有看明白具体是什么问题,因此想请教下各位前辈,这种报错是由于我的输入文件什么地方搞错导致的呀?谢谢

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发表于 Post on 2023-4-28 01:25:52 | 只看该作者 Only view this author
拓扑文件没写对
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-28 09:03:30 | 只看该作者 Only view this author

可以麻烦请教下老师我这个拓扑这么看有什么问题吗?另外我的蛋白有loop上缺失了几个氨基酸我没有补全,这个影响大吗,因为他们不在活性中心我就没有补全

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发表于 Post on 2023-4-28 12:04:10 | 只看该作者 Only view this author
ShineZhu 发表于 2023-4-28 09:03
可以麻烦请教下老师我这个拓扑这么看有什么问题吗?另外我的蛋白有loop上缺失了几个氨基酸我没有补全,这 ...

检查ERROR提示的缺的参数在ffbonded.itp里定义没有,并且看是否和https://gromacs.bioexcel.eu/t/am ... n-in-dihedrals/5497说的情况有关
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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