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[其它程序] 求助:packmol堆积原子

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本帖最后由 wuxiaofei 于 2023-5-9 11:45 编辑

我想建立类似第二张图片的模型,但是我用packmol堆积之后看到的图片是第一张的样子,他怎么能让左右两边的晶胞没有角度平行于中间的水分子盒子,还有就是怎么将左边晶胞蓝色的原子旋转到与水分子盒子接触。

202305091108011404..png (211.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

202305091108011404..png

202305091108364308..png (556.46 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

202305091108364308..png

packmol.inp

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发表于 Post on 2023-5-9 14:17:35 | 只看该作者 Only view this author
用fixed命令慢慢调

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发表于 Post on 2023-5-9 22:45:38 | 只看该作者 Only view this author
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html

用fixed直接指定板出现的位置和角度,避免随机旋转。并且确保提供的板的结构文件里体系是平行于笛卡尔平面的。一侧板的fixed要求不旋转,另一侧板的fixed要求旋转180度。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-14 11:35:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-5-9 22:45
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473(http://bbs.keinsci.com/thread-1254 ...

谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-14 11:35:44 | 只看该作者 Only view this author
superbaba 发表于 2023-5-9 14:17
用fixed命令慢慢调

好的,谢谢

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