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[GROMACS] 请问如何按照文献计算电解液中离子在外加电场作用下迁移所产生的电流

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各位老师好,我是刚接触GROMACS的萌新,想按照文献“Molecular dynamics simulations of concentrated aqueous electrolyte solution”中的公式(1)计算电解液中阴阳离子在外加电场作用下产生的电流,进而计算出对应的电导率,电场设置为“electric-field-z = 0.01 0 0 0”,目前已完成了NVT production simulation,拿到结果后却不会按照该公式分析计算,请各位老师指点。

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发表于 Post on 2023-5-14 19:27:31 | 只看该作者 Only view this author
自己按公式写分析脚本计算就完了,利用VMD的tcl脚本就可以
q是原子电荷,在拓扑文件里就有,各时刻各原子的z就是轨迹里记录的
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发表于 Post on 2024-10-31 21:49:54 | 只看该作者 Only view this author
我也在做这个方面,遇到这个问题,请问老师您解决了吗

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