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[GROMACS] 求助为什么md之后没生成trr文件

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楼主
如题,跑完模拟之后没有发现trr文件,但是cpt gro xtc edr文件都有,跑的也没出错,这是什么原因那?另外如果没有trr文件我想把txc文件抽帧应该怎么操作那?感谢前辈们指导

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发表于 Post on 2023-5-18 19:48:58 | 只看该作者 Only view this author
没设nstxout

不存在txc文件

trjconv可以把xtc转成trr文件,但没什么实际意义。抽帧语义不明
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-18 20:11:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-5-18 19:48
没设nstxout

不存在txc文件

sob老师我使用trjconv将xtc文件每1ns输出了一个新的xtc文件,但是使用 gmx_mpi trjconv -f md_animation.xtc -o md_animation_new.xtc -s md.tpr -pbc mol的时候出现这个这个问题There were 320 inconsistent shifts. Check your topology是什么问题那?

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发表于 Post on 2023-5-18 20:16:19 | 只看该作者 Only view this author
先-pbc mol处理原轨迹,之后再每1ns保存一帧
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-18 20:21:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-5-18 20:16
先-pbc mol处理原轨迹,之后再每1ns保存一帧

好的老师我去试一试

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-18 20:28:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-5-18 20:16
先-pbc mol处理原轨迹,之后再每1ns保存一帧

老师一样的报错

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