请问一下该怎么把CO2填充到IL左右两边的真空区

qjy111

想要对IL与CO2进行界面模拟，跑完npt2后利用editconf命令对盒子进行了拉伸形成了真空区，请问一下该怎么把CO2填充到左右两边的真空区

thou

方形盒子的话，可以创建一个与真空区差不多大小的盒子并填充IL，然后editconf适当调整坐标，使之分别与左右两边真空区对应，然后合并坐标即可

qjy111

thou 发表于 2023-5-22 18:24
方形盒子的话，可以创建一个与真空区差不多大小的盒子并填充IL，然后editconf适当调整坐标，使之分别与左右 ...

抱歉抱歉，写错了，是将CO2填充到真空区，我已经对IL进行了npt操作，所以想将CO2放在两边，形成气液界面。不太清楚怎么去填充CO2

thou

qjy111 发表于 2023-5-22 18:46
抱歉抱歉，写错了，是将CO2填充到真空区，我已经对IL进行了npt操作，所以想将CO2放在两边，形成气液界面 ...

一样的步骤：根据真空区的尺寸创建盒子，算好CO2分子数量填充进去→调整CO2盒子坐标分别拼接到左右真空区。
或者还有个方法更直接：创建完左右真空区，insert-molecules填充CO2分子时，用-scale选择较大的值（比如1，需要试），则CO2只会出现在真空区，而不会填充到致密的IL区域。