计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1592|回复 Reply: 3
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 想请教下以下这种错误是软件的问题吗?

[复制链接 Copy URL]

53

帖子

0

威望

147

eV
积分
200

Level 3 能力者

最近我在我们服务器上使用GMX-2023总是遇到以下这个错误,想请教下这个错误是属于这个新版GMX的bug还是就是我自己没有正确使用软件对其进行合理的input呢。想请教下各位有经验的前辈们,希望可以得到您们的一些意见,谢谢。以下截图是报错信息,附件是我input的文件。

202305231537362541..png (52.75 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

202305231537362541..png

202305231537081791..png (48.88 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

202305231537081791..png

NAP.gro

3.43 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125177

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2023-5-24 01:25:20 | 只看该作者 Only view this author
运行方式不对。如果前面带了mpirun,去掉
如果没带,重新编译GROMACS,不跨节点甭用MPI版,否则自取其辱
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

53

帖子

0

威望

147

eV
积分
200

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-24 10:39:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-5-24 01:25
运行方式不对。如果前面带了mpirun,去掉
如果没带,重新编译GROMACS,不跨节点甭用MPI版,否则自取其辱

老师您好,我运行前面没有带mpirun。安装是给我们实验室安装服务器的工程师安装的2023版,您的意思是需要重新下载安装GMX吗

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125177

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2023-5-26 05:00:49 | 只看该作者 Only view this author
ShineZhu 发表于 2023-5-24 10:39
老师您好,我运行前面没有带mpirun。安装是给我们实验室安装服务器的工程师安装的2023版,您的意思是需要 ...


参考下文
GROMACS的安装方法(含全程视频演示)
http://sobereva.com/457http://bbs.keinsci.com/thread-11821-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-25 11:22 , Processed in 0.249572 second(s), 28 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list