分子动力学模拟时拟合二面角参数问题请教

Yoghurt · 发表于 Post on 2023-5-24 11:24:39

请教各位老师，对图中的结构进行分子聚集过程的模拟时，想得到更加准确的聚集后构象，需要拟合二面角参数，存在以下几个疑问，
1. 对于这种对称的体系，关键的二面角选择图中的四组1（C6-C3-C13-S22）、2（S22-C16-C33-C34）、3(C38-C40-N43-C47)、4（C38-C40-N43-C56）是否合适？
另一侧对称的1',2',3',4'采用最终拟合得到的1,2,3,4一样的参数即可？
2.在获得二面角扭转势能曲线时，是否只改变某一个二面角比如只改变1的，其余部分全放开（包括1’），进行柔性扫描就行呢？
3.制作每一个构型的拓扑文件时需要把二面角去除，那么应该把对称位置的一并去除吗？比如需要去除1的二面角时就把1和1'的一块去除，这样拟合出来的参数合理吗？

希望得到大家的指教，谢谢~

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2023-5-24 11:40:22

本帖最后由 Entropy.S.I 于 2023-5-24 12:02 编辑

1. 是
2. 是
3. 直接把整个分子拿去做柔性扫描显然不合适，计算量巨大。合适的做法是把4类二面角拆分到若干个小分子上，再拟合，最后把参数转移到实际分子上。ztop可以一站式完成上述所有操作。拆分的时候，不要拆得太狠，至少要保证二面角再往外延伸一个原子的片段与实际分子相同；如果二面角的一部分在环上，就应该把整个环（不包括并环）包含在小分子里，当然，你图中的1号二面角同时在并环的3个环上，所以要把整个并环包含在小分子里。

zdworld · 发表于 Post on 2023-10-11 13:26:20

Entropy.S.I 发表于 2023-5-24 11:40
1. 是
2. 是
3. 直接把整个分子拿去做柔性扫描显然不合适，计算量巨大。合适的做法是把4类二面角拆分到若 ...

拆分的话ztop有办法把参数映射回原本的拓扑吗？

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2023-10-11 15:27:51

zdworld 发表于 2023-10-11 13:26
拆分的话ztop有办法把参数映射回原本的拓扑吗？

已经说了参数转移

zdworld · 发表于 Post on 2023-10-12 00:03:15

本帖最后由 zdworld 于 2023-10-12 00:04 编辑

Entropy.S.I 发表于 2023-10-11 15:27
已经说了参数转移

谢谢，我翻了一下ztop说明发现有这个功能，真是太强了

渡边京介 · 发表于 Post on 2023-11-23 10:43:36

你好，请问你的二面角参数也是用ztop拟合的吗，我拟合的曲线非常奇怪

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