想计算分子的整体的芳香性作为机器学习的特征，用Multiwfn计算芳香性用哪种方法比较快

fmh · 发表于 Post on 2023-5-25 17:30:13

我想计算分子的整体的芳香性作为机器学习的特征，用Multiwfn计算芳香性用哪种方法比较快，我看了几个，比如HOMA、多中心键级等等，它们好像都要输入原子序号，都挺费时间的，而且我的分子还比较多，感谢答惑！

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-5-25 18:40:38

首先要确定一下整体芳香性的定义。比如假如你的分子有一个芳香环和一个反芳香环，你希望你的整体芳香性代表的是前者的芳香性？还是后者的芳香性？还是两者芳香性的平均值？还是两者芳香性的和？先把这个问题明确了，才能讨论如何衡量芳香性最适合你的研究目的

kimariyb · 发表于 Post on 2023-5-25 19:11:29

楼主，你所说的 “计算分子的整体的芳香性作为机器学习的特征”，鄙人也很有兴趣。就如楼上王老师所说，您帖子中所说的 “整体芳香性” 到底是指代什么，不知道可否交流一下。

fmh · 发表于 Post on 2023-5-25 20:16:30

wzkchem5 发表于 2023-5-25 18:40
首先要确定一下整体芳香性的定义。比如假如你的分子有一个芳香环和一个反芳香环，你希望你的整体芳香性代表 ...

对这方面我也不是多了解，是因为我使用的分子库里大多数分子或多或少具有一个或多个环，所以我想着分子的芳香应该是一个必要的特征。我主要研究的是分子的血脑屏障透过性的，在这方面的分子上的主要标准是分子的大小、脂溶性、电荷量、氢键、形状有关。

fmh · 发表于 Post on 2023-5-25 20:28:47

kimariyb 发表于 2023-5-25 19:11
楼主，你所说的 “计算分子的整体的芳香性作为机器学习的特征”，鄙人也很有兴趣。就如楼上王老师所说，您 ...

是因为我的分子库中大多数分子或多或少具有一个或多个环，所以我想着计算一下分子的芳香性应该是有必要的，再者找怎么计算的时候看到了局部方芳香性，所以就想到了整体芳香性这个词。

kimariyb · 发表于 Post on 2023-5-25 21:16:12

fmh 发表于 2023-5-25 20:28
是因为我的分子库中大多数分子或多或少具有一个或多个环，所以我想着计算一下分子的芳香性应该是有必要的 ...

鄙人最近也在研究芳香性的理论计算，并且暑假将会参加卢老师的波函数培训班，如果楼主有兴趣合作的话，可以和我私聊

风起~ · 发表于 Post on 2023-5-25 23:46:42

用rdkit 得到每个环的原子序号然后用Multiwfn算

sobereva · 发表于 Post on 2023-5-26 02:09:37

不是所有体系都能讨论什么“整体的芳香性”的，这个概念本身就没有普适性。只能根据具体体系特征、你的实际目的，来考虑怎么衡量芳香性比较得当
是否输入序号和计算快慢完全是两码事，输入序号占计算的时间（产生波函数文件+计算芳香性指标）可能微乎其微

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-5-26 02:54:26

fmh 发表于 2023-5-25 13:16
对这方面我也不是多了解，是因为我使用的分子库里大多数分子或多或少具有一个或多个环，所以我想着分子的 ...

那我觉得应该看组成共轭环的原子的总数（或者占总原子数的比例）。组成共轭环的原子数和pi-pi相互作用的强度有关，进而会决定分子和血脑屏障里面芳香分子的作用强度，但是这个共轭环是否是芳香性的应该影响不是太大，毕竟透过血脑屏障一般只涉及非共价相互作用，最多最多再加个质子化状态改变。

fmh · 发表于 Post on 2023-5-26 15:09:24

sobereva 发表于 2023-5-26 02:09
不是所有体系都能讨论什么“整体的芳香性”的，这个概念本身就没有普适性。只能根据具体体系特征、你的实际 ...

好的，谢谢s老师

fmh · 发表于 Post on 2023-5-26 15:10:20

wzkchem5 发表于 2023-5-26 02:54
那我觉得应该看组成共轭环的原子的总数（或者占总原子数的比例）。组成共轭环的原子数和pi-pi相互作用的 ...

好的，我找一下相关的文章，谢谢w老师

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