寻找Mo配合物过渡态的时候，为啥经常会出现有一个水分子跑去第二壳层的情况

abcd401

wzkchem5 发表于 2023-6-12 15:36
这种反应不能用手摆结构然后直接算，必须做构型搜索，否则结果不能发表。参见http://bbs.keinsci.com/thr ...

我现在要找MoO2(OH)2(H2O)2聚合成(H2O)2(OH)O2Mo-O-MoO2(OH)(H2O)2的过渡态   MoO2(OH)2(H2O)2单体我是从文献中提取坐标出来 自己优化    实际上这个单体是稳定存在的    过渡态是我把两个单体按文献中其他结构一样拼凑在一起再优化的

wzkchem5

abcd401 发表于 2023-6-12 13:48
好的谢谢！我试着做一下柔性扫描   我前几天跟我导师讨论了一下   他让我 “对这个氢与两个氧之间的键长  ...

假如TS存在的话，这个做法确实有可能比柔性扫描更快地找到TS；但假如TS不存在的话，当且仅当初始键长足够长且优化步长足够小的时候，可以用这个方法证明没有TS，但是还是不如柔性扫描严格。
另外注意我说的柔性扫描是用来解决“证明A到B没有过渡态”的问题的，你关心的应该是“已知A到B有过渡态C，想严格证明不存在另一个（或者一类）过渡态D”，这个正如我所说，无法严格证明，且即使做不严格的证明，也很难是单个的柔性扫描就能搞定的

wzkchem5

abcd401 发表于 2023-6-12 14:20
我现在要找MoO2(OH)2(H2O)2聚合成(H2O)2(OH)O2Mo-O-MoO2(OH)(H2O)2的过渡态   MoO2(OH)2(H2O)2单体我是从 ...

稳定、乃至结构优化收敛且没有虚频，都不代表是全局能量极小值点，只能代表是局部能量极小值点。构型搜索的目的在于尽量确保你得到的结构是全局能量最低的结构

abcd401

wzkchem5 发表于 2023-6-13 01:09
稳定、乃至结构优化收敛且没有虚频，都不代表是全局能量极小值点，只能代表是局部能量极小值点。构型搜索 ...

好的  非常感谢老师的指导！

abcd401

wzkchem5 发表于 2023-6-13 01:07
假如TS存在的话，这个做法确实有可能比柔性扫描更快地找到TS；但假如TS不存在的话，当且仅当初始键长足够 ...

老师，我还想请教一下   
①如果限制性优化这个过渡态   是只限制H原子还是要把H和两个O同时限制住？？
②我在把H和O同时限制的时候发现一个问题  旁边水分子上的H会慢慢靠近中间的O    这个问题要怎么解决？C:\Users\Lenovo\Desktop

wzkchem5

abcd401 发表于 2023-6-27 10:38
老师，我还想请教一下   
①如果限制性优化这个过渡态   是只限制H原子还是要把H和两个O同时限制住？？
...

（1）单限制一个原子肯定是不行的，等于没限制，因为分子的其他部分可以整体平移。至少得限制一个键长
（2）图片没贴成功。如果你确定你不希望那个H靠近，就通过限制某个或某几个键长让它不要靠近

abcd401

wzkchem5 发表于 2023-6-27 17:54
（1）单限制一个原子肯定是不行的，等于没限制，因为分子的其他部分可以整体平移。至少得限制一个键长
...

（1）我限制的就是键长    opt=modredundant    H原子与其他两个原子之间的键长   然后用的是笛卡尔坐标优化
（2）老师，抱歉 ！ 我重新发布一个新的帖子，回复好像贴不了图片。要是我同时限制了很多个条件，那我后面取消限制用TS优化时，是依次按顺序取消呢，还是所有限制条件同时取消    用TS优化？？这个有点疑惑

wzkchem5

abcd401 发表于 2023-6-27 13:39
（1）我限制的就是键长    opt=modredundant    H原子与其他两个原子之间的键长   然后用的是笛卡尔坐标 ...

取决于你认为你优化TS的成功率有多高。一次全去掉的话，如果收敛了就省很多时间，但是不收敛概率大；一个一个去掉的话，即使能收敛也会比较费时间（多做了几次结构优化），但是不收敛概率小

abcd401

wzkchem5 发表于 2023-6-27 21:28
取决于你认为你优化TS的成功率有多高。一次全去掉的话，如果收敛了就省很多时间，但是不收敛概率大；一个 ...

收到谢谢老师