Mulitiwfn+CP2K画IRI得到的等值面显示不全是什么原因

xunlu_ipe · 发表于 Post on 2023-6-7 18:15:31

按照使用Multiwfn结合CP2K通过NCI和IGM方法图形化考察固体和表面的弱相互作用 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)和使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)的方法，分析气体在固体表面的相互作用，但是出来的结果好像缺少了一部分内容，不知道什么原因。

这是要分析的结构

这是得到IRI的侧视图和俯视图，表面的两层分子（蓝色Si与黄色Cu）没有出现等值面，气体分子与表面没有出现作用力，还有得到绿色的范德华力也有点奇怪，想知道造成这种情况的原因是什么。

sobereva · 发表于 Post on 2023-6-8 04:00:22

等值面数值设得不合理，反复调节

另外，目的只是研究表面吸附，应当用IGMH，免得片段内的相互作用也展现出来把图像弄得乱糟糟
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
http://sobereva.com/621（http://bbs.keinsci.com/thread-28147-1-1.html）
一篇最全面介绍各种弱相互作用可视化分析方法的文章已发表！
http://sobereva.com/667（http://bbs.keinsci.com/thread-37629-1-1.html）

xunlu_ipe · 发表于 Post on 2023-6-8 17:19:53

sobereva 发表于 2023-6-8 04:00
等值面数值设得不合理，反复调节

另外，目的只是研究表面吸附，应当用IGMH，免得片段内的相互作用也展现 ...

谢谢sob老师的解答。
1、我首先调节了等值面的大小，但是在调节的范围内都没有得到预期的效果
等值面变化()这是我调节的过程，isovalue越大，界面出现了大面积的范德华力，应该是不合理的
2、第二步我用使用Multiwfn结合CP2K通过NCI和IGM方法图形化考察固体和表面的弱相互作用 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)中3.6的方法定义定两个片段（固体1-54，气体55-59），得到了下面的结果

（侧视）

（俯视）
这个可以看出界面画出了范德华力，但是有一个地方我觉得不太合理，气体原子与固体之间没有较强的作用力（1-2，3-4），应该出现蓝色的等值面（吸附能较大）。
3、第三步我按照您的建议用IGMH分析了以下，结果和IRI类似。

（IGMH结果）
所以为什么会出现吸附分子与表面形成的键穿透了范德华力的结果，怎么解决呢？我想得到下面这样的结果。

我的猜测是不是Multifwn算的是分子分子间的弱相互作用力，由于吸附力较强将气体与被吸附原子识别为一体所以不适用了？

sobereva · 发表于 Post on 2023-6-9 06:56:30

xunlu_ipe 发表于 2023-6-8 17:19
谢谢sob老师的解答。
1、我首先调节了等值面的大小，但是在调节的范围内都没有得到预期的效果
等值面变 ...

不要总用“力”字
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）

不要因为看上去等值面是绿色的就一味认为是范德华作用，电子密度在离子键作用区域同样很小

看此文弄清楚连接关系怎么判断的
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

作IGMH图时也要恰当调节等值面数值，并且用小点格点间距免得等值面粗糙

xunlu_ipe · 发表于 Post on 2023-6-9 11:38:33

sobereva 发表于 2023-6-9 06:56
不要总用“力”字
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci. ...

谢谢老师，我学习一下。

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