Windows版本VMD 1.9.3读取Multiwfn chg文件的插件库

lyj714 · 发表于 Post on 2023-6-8 11:39:15

本帖最后由 lyj714 于 2024-6-10 10:37 编辑

.chg文件是Multiwfn私有的，基本格式也就是5列数据，第1列元素名，2-4列分别是XYZ坐标（单位埃），最后一列是原子电荷，每一列空格隔开，格式自由。
vmd软件功能十分强大，但是更新较慢，目前最为稳定的也就是2016年的vmd 1.9.3，因此我写了一个chg的插件库，可以直接用于Windows系统下vmd 1.9.3，然后直接进行chg文件的读写。

Windows系统vmd 1.9.3根据位数是分为32位和64位，官网下载的自然是32位的，如果是论坛下载的可能是64位，自行分清楚版本。

此插件分为32位和64位，也就是分别适用于Windows系统下的vmd 1.9.3 32和64位。注意只支持1.9.3版本

2024.06.10 - 更新一下:

更加广泛的支持某些特殊tpr的读取
支持xtc轨迹格式的写操作，即可以替换vmd自带的trr，大幅减小体系
支持Gaussian gjf文件中结构的读取，仅限于单纯可视化结构
支持SDF分子格式的可视化结构

用法

1. 解压附件，根据自己用的vmd位数选择哪个文件夹下的，win32表示适用于32位vmd 1.9.3；win64表示适用于64位vmd 1.9.3

2. 找到自己电脑的vmd安装路径的插件路径[即molfile文件夹]，比如32位的可能在D:\VMD\plugins\WIN32\molfile；64位的可能在D:\VMD\plugins\WIN64\molfile；然后复制对应的插件.so文件到这个molfile文件夹下。

3. 启动vmd，终端不报错就表明装好了，然后直接读取.chg文件就行了，chg文件直接读入vmd的一个好处就是有原子电荷属性，可通过Charge的Coloring Method进行上色。此插件也可以保存文件为chg格式，但是由于vmd自身对坐标精度只用了float类型，所以为了和vmd内部匹配，导出的chg精度我只设置了6位小数，太多位也没用。

注意

tprpluginX.so是gromacs的tpr读取插件，这个并非我写的，vmd 1.9.4测试版在最新开发项目中已经采用了一个第三方的tpr读取插件，我只是编译了，这个其实我很早就说过，这个tpr读取插件适用于绝大多数普通体系，只要是gromacs版本大于4，小于等于2023应该都可以读取。少部分体系无法读取。好处在于体系可视化成键，包括跨周期成键（如果可视化看到跨盒子的乱键就不必感到奇怪），可用于检查拓扑成键，原子电荷等等是不是正确的。

sobereva · 发表于 Post on 2023-6-8 13:13:43

试了下，非常好用
从tpr文件里也把原子类型信息载入了，很有用

lMiraclel · 发表于 Post on 2023-7-21 14:35:25

牛的

hlmkh · 发表于 Post on 2023-7-26 04:15:11

Thanks for sharing

lonemen · 发表于 Post on 2023-8-21 15:46:17

多谢分享！很有用

那年冬天风在吹 · 发表于 Post on 2024-2-16 21:33:37

牛的

xinyuew · 发表于 Post on 2024-4-6 14:05:08

sobereva 发表于 2023-6-8 13:13
试了下，非常好用
从tpr文件里也把原子类型信息载入了，很有用

请问老师，在载入VMD插件后，导入tpr文件后，VMD闪退，是因为体系太大了吗？我的马提尼粗粒化体系有30万粒子，谢谢老师！

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-7 05:16:30

xinyuew 发表于 2024-4-6 14:05
请问老师，在载入VMD插件后，导入tpr文件后，VMD闪退，是因为体系太大了吗？我的马提尼粗粒化体系有30万 ...

可能是
MARTINI没有标准的中文译名，不要写成中文

xinyuew · 发表于 Post on 2024-4-7 14:27:00

sobereva 发表于 2024-4-7 05:16
可能是
MARTINI没有标准的中文译名，不要写成中文

明白了，谢谢老师！

lyj714 · 发表于 Post on 2024-4-7 21:32:15

xinyuew 发表于 2024-4-6 14:05
请问老师，在载入VMD插件后，导入tpr文件后，VMD闪退，是因为体系太大了吗？我的马提尼粗粒化体系有30万 ...

和体系大小没关系，百万原子都可以读，但是那个原有的tpr插件有某些bug。你传一个你不能读取的tpr文件上来，我看看。

xinyuew · 发表于 Post on 2024-4-8 20:01:49

lyj714 发表于 2024-4-7 21:32
和体系大小没关系，百万原子都可以读，但是那个原有的tpr插件有某些bug。你传一个你不能读取的tpr文件上 ...

麻烦老师帮我看看，谢谢老师！

LiZn1006 · 发表于 Post on 2024-7-16 15:48:53

请问怎么导出chg文件呀

cheng1 · 发表于 Post on 2025-11-29 16:48:24

Linux下可以实现VMD导入.chg和.tpr格式文件吗？

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