通过高斯去优化LiFSI，通过msi2lmp.exe转lammps.data总出错 求助

qyw

slxc920113 发表于 2023-6-19 11:42
不知道你从哪里学来的这种换七八糟的操作，msi2lmp只是把MS格式的力场参数转换成lammps的data文件，这意 ...

您好，我还想问一下，lammps同一体系不同分子不同力场怎么实现的呢

slxc920113

qyw 发表于 2023-6-20 21:42
您好，我还想问一下，lammps同一体系不同分子不同力场怎么实现的呢

相同的pair形式和混合规则才可以一起用，例如GAFF和Amber系列的力场可以混用，OPLS系列的可以混用。1-4相互作用的系数如果不一样，在Lammps里面没有办法混用，在Gromacs里面可以手动展开参数。
还有一种情况就是每一组的pair都有具体的参数，不需要具体混合规则来计算。那也可以直接杂化使用。
如果两套力场的pair函数形式都不一样，那要么只能丢失一些精度近似拟合成相同的函数形式，要么全部用数值的table形式。

对于成键参数，包括bond，angle，dihedral和improper，在保证参数可靠的情况下，可以比较放心地杂化使用。

qyw

slxc920113 发表于 2023-6-20 22:31
相同的pair形式和混合规则才可以一起用，例如GAFF和Amber系列的力场可以混用，OPLS系列的可以混用。1-4相 ...

在anglestyle这块，FSI是harmonic,MOF是hybrid fourier cosine/periodic
同一体系的话，anglestyle该怎么设置呢，lammps手册没找到相关说明例子

qyw

qyw 发表于 2023-6-21 20:01
在anglestyle这块，FSI是harmonic,MOF是hybrid fourier cosine/periodic
同一体系的话，anglestyle该怎 ...

解决了

davi

slxc920113 发表于 2023-6-19 06:42
不知道你从哪里学来的这种换七八糟的操作，msi2lmp只是把MS格式的力场参数转换成lammps的data文件，这意 ...

老师，您好，用了OPLS-2009IL建模FSI-阴离子，发现个问题，我看文献扭转项用的类型是OPLS(文献只给出了V1,V2,V3的值)，Autoff给出了四个(V1,V2,V3,V4),是不是文献默认V4为0哦。第二个点是，我建模好之后导出Moltemplate格式，发现Autoff给出来的值与文献不太对的上(给出的结果貌似少乘了个2？)，我是用采用lammps进行计算。最后一点是有些数据和文献完全对不上。给出Autoff和我看文献列出来的值

slxc920113

davi 发表于 2024-10-26 17:45
老师，您好，用了OPLS-2009IL建模FSI-阴离子，发现个问题，我看文献扭转项用的类型是OPLS(文献只给出了V1 ...

OPLS-2009IL力场并没有FSI的参数，显然遇到缺失的参数自动从备选的OPLS-AA中查找了，你可以选择CL&P，你截图的文献的力场参数也是来在CL&P，我稍后可以把CL&P的这个二面角补充到OPLS-2009IL中。
乘以2是因为Lammps程序内部计算的时候对应的OPLS形式的势函数每个系数前面还有个1/2（可以去查Lammps的手册）。

davi

slxc920113 发表于 2024-10-31 09:46
OPLS-2009IL力场并没有FSI的参数，显然遇到缺失的参数自动从备选的OPLS-AA中查找了，你可以选择CL&P，你 ...

老师，这个问题我已经解决了，谢谢哈