Lammps reaxff/CP2K AIMD物种统计分析工具[1.0版本]

Graphite · 发表于 Post on 2024-6-20 15:40:40

Q1ngKl 发表于 2024-6-20 14:42
请问reax_tools是不会输出文件的吗？我用species清洗命令没有发现有文件输出。
而且无法读取路径文件。

species清洗命令是-s [species.out文件]
如果你的意思是在用-f [lammpstrj文件]，即使用轨迹直读模式的话，那这个lammpstrj文件的格式可能不对

Panbow · 发表于 Post on 2024-6-22 23:09:34

本帖最后由 Panbow 于 2024-6-22 23:52 编辑

allergicrosen 发表于 2024-3-6 14:36
File "/我的路径/./reax_species.py", line 331, in
main(sys.argv[1:])
File "/我的路径/./rea ...

python ./reax_species.py -f species.out

蛾眉皓齿 · 发表于 Post on 2024-6-25 17:40:50

用reax_species.py脚本后屏幕显示的init, final, ave 和max是什么物理量呢，是初态终态以及平均和最大分子数吗？

Graphite · 发表于 Post on 2024-6-26 07:20:15

蛾眉皓齿发表于 2024-6-25 17:40
用reax_species.py脚本后屏幕显示的init, final, ave 和max是什么物理量呢，是初态终态以及平均和最大分子 ...

是

竹溪 · 发表于 Post on 2024-7-4 10:29:00

allergicrosen 发表于 2024-3-6 14:36
File "/我的路径/./reax_species.py", line 331, in
main(sys.argv[1:])
File "/我的路径/./rea ...

请问你的问题解决了吗

MISAKA19020 · 发表于 Post on 2024-7-12 16:01:59

你好，使用./reax_tools -s ./species.out -me C -mr 1,2,3命令后有显示，formula begin mid end average等信息，但没有找到对应的保存文件，请问这个文件保存在什么地方还是需要额外设置

lammps-rookie · 发表于 Post on 2024-8-21 10:06:56

老师您好，在这里reax.py脚本是提取出了H2、H2O等分子的数量，请问一下如果我想提取CO、CO2的数量应该在脚本的哪处位置进行修改呢？

Graphite · 发表于 Post on 2024-8-22 12:32:26

lammps-rookie 发表于 2024-8-21 10:06
老师您好，在这里reax.py脚本是提取出了H2、H2O等分子的数量，请问一下如果我想提取CO、CO2的数量应该在脚 ...

不用做什么修改啊，不要带合并选项，直接输出所有数据里面就会有

澜渊 · 发表于 Post on 2024-8-30 14:49:53

Graphite 发表于 2023-11-21 10:37
是否正确安装了python、正确指定了程序名和输入文件名
尝试python ./reax_species.py species.out

大佬，在该脚本中如何指定程序名和输入文件名

澜渊 · 发表于 Post on 2024-8-30 17:59:21

竹溪发表于 2024-7-4 10:29
请问你的问题解决了吗

请问你的问题解决了吗

svenhhhhh · 发表于 Post on 2024-9-4 17:42:27

老师，请问reax_tools清洗产物是没有输出清洗后的结果文件的吗，我只看到屏幕上打印出来了

ddddnight · 发表于 Post on 2024-9-13 12:53:46

Frame: 388 Atoms: 10200 Bonds: 0 Mols: 10200
Frame: 389 Atoms: 10200 Bonds: 0 Mols: 10200
Frame: 390 Atoms: 10200 Bonds: 0 Mols: 10200
Frame: 391 Atoms: 10200 Bonds: 0 Mols: 10200
Frame: 392 Atoms: 10200 Bonds: 0 Mols: 10200
Frame: 393 Atoms: 10200 Bonds: 0 Mols: 10200
Frame: 394 Atoms: 10200 Bonds: 0 Mols: 10200
Frame: 395 Atoms: 10200 Bonds: 0 Mols: 10200
Frame: 396 Atoms: 10200 Bonds: 0 Mols: 10200
Frame: 397 Atoms: 10200 Bonds: 0 Mols: 10200
Frame: 398 Atoms: 10200 Bonds: 0 Mols: 10200
Frame: 399 Atoms: 10200 Bonds: 0 Mols: 10200
Frame: 400 Atoms: 10200 Bonds: 0 Mols: 10200
Frame: 401 Atoms: 10200 Bonds: 0 Mols: 10200
Merge 0 formulas into grp_C1-3
Merge 0 formulas into grp_C4-5
Merge 0 formulas into grp_C6-7
Merge 0 formulas into grp_C8-15
Merge 0 formulas into grp_C16-63
Merge 0 formulas into grp_>C64
老师，我用了这个命令，(base) [tg@localhost Analysis]$ ./reax_tools -f dump.lammpstrj -me C -mr 1,4,6,8,16,64 --order C,H
1, 4, 6, 8, 16, 64, 为什么统计不出来不同碳数的个数呢

Graphite · 发表于 Post on 2024-9-18 19:45:42

ddddnight 发表于 2024-9-13 12:53
Frame: 388 Atoms: 10200 Bonds: 0 Mols: 10200
Frame: 389 Atoms: 10200 Bonds: 0 Mols: 10200
Frame: 3 ...

lammpstrj没有元素符号定义，只有id=1,2,3,4...。需要使用如-t C,H,O,N...指定的实际元素符号。

ddddnight · 发表于 Post on 2024-9-18 21:03:32

Graphite 发表于 2024-9-18 19:45
lammpstrj没有元素符号定义，只有id=1,2,3,4...。需要使用如-t C,H,O,N...指定的实际元素符号。

懂了！太感谢老师您的回答了！

MISAKA19020 · 发表于 Post on 2024-9-19 22:11:02

请问reax_tools运行后看到屏幕上打印出来了，但没有找到保存在哪儿是什么原因

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