Lammps reaxff/CP2K AIMD物种统计分析工具[1.0版本]

Graphite

MISAKA19020 发表于 2024-9-19 22:11
请问reax_tools运行后看到屏幕上打印出来了，但没有找到保存在哪儿是什么原因

在有些系统上有文件读写bug，国庆后和下个版本一并修复更新

Graphite

MISAKA19020 发表于 2024-7-12 16:01
你好，使用./reax_tools -s ./species.out -me C -mr 1,2,3命令后有显示，formula                begin    ...

已修复

Graphite

MISAKA19020 发表于 2024-9-19 22:11
请问reax_tools运行后看到屏幕上打印出来了，但没有找到保存在哪儿是什么原因

已修复

Graphite

svenhhhhh 发表于 2024-9-4 17:42
老师，请问reax_tools清洗产物是没有输出清洗后的结果文件的吗，我只看到屏幕上打印出来了

已修复

lindlar

出现这个问题是什么情况？运行./reax_tools -s lammps reaction.species.out出错，但是运行./reax_tools -f reaction.lammpstrj，又可生成reaction.csv文件
Usage:
        -f .xyz/.lammpstrj file -> [TRAJ MODE] determine molecules by van der Waals radius
        -s lammps reaxff/species file (spieces.out) -> [SPECIES MODE] determine species by file input

        [TRAJ MODE SETTINGS]
        -r raidus scaling factor (default 1.2)
        -t type names, split in comma, e.g. C,H,O,N,S,F

        [SPECIES MODE SETTINGS]
        -me merge molecules into groups by element number (default C), i.e. mols have 1~4 Carbons -> group_C1-C4
        -mr merge range for the process above, split in comma (default: 1,4,8,16)
        -rc rescale group weight by selected atom number, not mol number, i.e. C2H4 -> weight 2, C4H8 -> weight 4 (default: no)
        --order output formulas in correct element order, split in comma (default: C,H,O,N,S,F,P)
terminate called after throwing an instance of 'std::runtime_error'
  what():  Invalid options / parameters.
Aborted (core dumped)

Graphite

lindlar 发表于 2024-10-20 19:56
出现这个问题是什么情况？运行./reax_tools -s lammps reaction.species.out出错，但是运行./reax_tools -f ...

指-s "lammps reaxff/species file"
也就是说要输入的是-s reaction.species.out

提示了是Invalid options / parameters，输入选项/参数的问题。

lindlar

Graphite 发表于 2024-10-21 15:04
指-s "lammps reaxff/species file"
也就是说要输入的是-s reaction.species.out

谢谢，问题已经解决

shen259

allergicrosen 发表于 2024-3-6 14:36
File "/我的路径/./reax_species.py", line 331, in
    main(sys.argv[1:])
  File "/我的路径/./rea ...

我也是，请问你最后怎么解决的呢