[开源]ReaxTools反应动力学分析工具[1.9web网页版]

Graphite

wk123 发表于 2025-3-21 10:34
您好，就是我想问一下咋样将跑出来的轨迹文件分片再进行reax_tools解析？

lammpstrj和几乎所有轨迹文件格式都是固定的，写个脚本切一下就行了，不行弄个小文件给cursor+claude 3.7帮你写

Graphite

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wildon

点赞，已加星，之前也想借助cursor进行后处理可视化界面的开发，但懒。

devilove

真心感谢您的分享，不知是否支持周期性体系的处理呢

Graphite

devilove 发表于 2025-3-31 23:08
真心感谢您的分享，不知是否支持周期性体系的处理呢

谢谢，已加入开发计划。

暂时的解决方案：先用OVITO->cluster analysis（条件宽松点，必要的话先大致create bonds）->unwrap by cluster，保存轨迹时不包括键，这样得到消除破碎边界问题的轨迹，再用reax_tools。

也可以自己改一下molecules.cpp和kdtree.cpp的源码，使距离计算的方式改为取了lx/ly/lz余数后的距离，然后pull request，我合并到主分支。

不急的话我会在下次更新中加入这个功能。

Graphite

devilove 发表于 2025-3-31 23:08
真心感谢您的分享，不知是否支持周期性体系的处理呢

已经推送此功能到github上，如果lammpstrj有pbc信息会自动处理，xyz文件的我还得看看其他软件文件是怎么写的，或者手动输入？（不过手动输入对于NPT就不好弄了）。请下载1.2版本。

chenzhe

Graphite 发表于 2025-4-1 11:19
已经推送此功能到github上，如果lammpstrj有pbc信息会自动处理，xyz文件的我还得看看其他软件文件是怎么 ...

etxyz就带有盒子信息，第二行写入的。可以去读取Lattice信息

devilove

Graphite 发表于 2025-4-1 11:19
已经推送此功能到github上，如果lammpstrj有pbc信息会自动处理，xyz文件的我还得看看其他软件文件是怎么 ...

这开发效率太高了，谢谢您，会去支持您的github

Graphite

更新多线程版本。

chenzhe

Graphite 发表于 2025-4-8 18:32
更新多线程版本。

etxyz的周期格式会考虑嘛，其实就是xyz文件的第二行加入盒子信息（Lattice="晶格参数"），其余就和xyz文件一样

Graphite

chenzhe 发表于 2025-4-8 19:46
etxyz的周期格式会考虑嘛，其实就是xyz文件的第二行加入盒子信息（Lattice="晶格参数"），其余就和xyz文 ...

计划是2.0之前，1.5-1.9几个小版本内支持更多格式。2.0大版本计划是自带一个计算单点能的模块（基于机器学习势或者干脆自己能rerun ReaxFF），更加精确的建立分子拓扑。3.0之后计划把小分子的能量最小化、NVE系综的MD积分器搓进来，作为一键低成本的构象生成器，给量化拉构象、蛋白质预优化、化学信息学用。（画饼，不过反正也不是太难，就看我下半年有没有时间）

主要是下班时间在弄，这几天肝的有点累，容我躺几天。

示例够的话很快，xyz里面lattice=""我肯定在什么软件的输出中见过（OVITO？），可以发些示例吗，有个5-10帧就行。

chenzhe

Graphite 发表于 2025-4-8 20:53
计划是2.0之前，1.5-1.9几个小版本内支持更多格式。2.0大版本计划是自带一个计算单点能的模块（基于机器 ...

ovito导出的就是。我发个文件

chenzhe

Graphite 发表于 2025-4-8 20:53
计划是2.0之前，1.5-1.9几个小版本内支持更多格式。2.0大版本计划是自带一个计算单点能的模块（基于机器 ...

就类似于这样。第二行可以写入各种信息，作为轨迹的分析，只要Lattice=信息就行，其他不读。另外这种xyz文件允许原子种类和数量变动（当然MD轨迹原子肯定是一样的）

取什么名字

请问老师只能基于linux运行吗，Windows要怎么使用呢

Graphite

取什么名字 发表于 2025-4-9 17:28
请问老师只能基于linux运行吗，Windows要怎么使用呢

源码自己在windows下用Visual studio编译，cmd里面用法一样的。

急的话开个WSL2就是，我就是WSL2作为开发和运行环境的。