[开源]ReaxTools反应动力学分析工具[1.9web网页版]

取什么名字 · 发表于 Post on 2025-4-10 09:41:46

Graphite 发表于 2025-4-9 19:14
源码自己在windows下用Visual studio编译，cmd里面用法一样的。

急的话开个WSL2就是，我就是WSL2作为 ...

好的，谢谢老师

zxs1127 · 发表于 Post on 2025-4-10 10:02:31

请问范德华半径及轨迹判断，和键级文件判断，有什么区别么，哪种更为准确呢？

取什么名字 · 发表于 Post on 2025-4-10 14:12:31

本帖最后由取什么名字于 2025-4-10 15:56 编辑

请问老师这个报错是为什么呢

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已解决，使用release配置后不再报错。请问老师能实现对不同的原子设置不同的范德瓦尔斯半径吗，比如Fe设置1.94，O设置1.52，H设置0.62

Graphite · 发表于 Post on 2025-4-10 16:00:48

本帖最后由 Graphite 于 2025-4-10 16:02 编辑

取什么名字发表于 2025-4-10 14:12
请问老师这个报错是为什么呢

你是不是刚好卡在我刚才修bug反复提交的时间点了，刚修了一些体系bug

那个从命令行输入太麻烦了，暂时是写在defines.cpp里default_atomic_radius中的，如果有需要可能后面可以支持从自定义文件导入

可以加--dump参数每帧输出一个data文件用ovito查看调试，得到你想要的结果（会每帧输出，所以测试时最好先切成比如5帧测试）

Graphite · 发表于 Post on 2025-4-10 16:09:34

zxs1127 发表于 2025-4-10 10:02
请问范德华半径及轨迹判断，和键级文件判断，有什么区别么，哪种更为准确呢？

当然是基于键级或者受力之类的理论上更准确，不过对大部分体系其实调vdW半径已经足够。毕竟如果不是特别特殊的情况，算键级最后也接近是一个距离数值判断。

zxs1127 · 发表于 Post on 2025-4-10 16:56:30

Graphite 发表于 2025-4-10 16:09
当然是基于键级或者受力之类的理论上更准确，不过对大部分体系其实调vdW半径已经足够。毕竟如果不是特别 ...

收到，谢谢大佬回复，希望以后能出一个能够查看具体结构式的功能。

Graphite · 发表于 Post on 2025-4-10 17:16:42

本帖最后由 Graphite 于 2025-4-10 17:23 编辑

zxs1127 发表于 2025-4-10 16:56
收到，谢谢大佬回复，希望以后能出一个能够查看具体结构式的功能。

以前有的给我关掉了，主要是单双键的判断问题，之前用的基于距离和化合价匹配效果不好。

像高斯、chemcraft这类建模软件搞出单双键容易，因为都是常规静态结构，基于经验规则没事，实在不行自己手动改一下也不费事。

但是弄到反应体系中，很多时候是非常大量的原子、一些比较古怪的结构，特别是很多做燃烧、高压之类的体系，精确识别起来比较困难。经常会出现苯识别成环己烷之类的。

包括其他反应动力学后处理的包也有相似的问题，我是打算在2.0版本引入机器学习势之后再重新引入。

取什么名字 · 发表于 Post on 2025-4-10 17:26:56

本帖最后由取什么名字于 2025-4-10 17:45 编辑

Graphite 发表于 2025-4-10 16:00
你是不是刚好卡在我刚才修bug反复提交的时间点了，刚修了一些体系bug

那个从命令行输入太麻烦了， ...

好的，谢谢老师。意思就是说目前还不支持通过命令行自定义每种原子的范德瓦尔斯半径对吗，我是看ovito在处理lammpstrj文件的时候可以自定义这个选项~
另外我的体系中包含Fe,O,H三种原子，但是无论怎么设置半径输出的结果都只有Fe，似乎是把其他原子也识别成Fe了？我已经按照命令设置了-t Fe,O,H了

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不好意思刚看到老师的更新，我先试试1.5行不行

取什么名字 · 发表于 Post on 2025-4-10 18:21:15

老师好，在更改了defines.cpp里的vdw半径后再次尝试，命令为reax_tools.exe -f dump.lammpstrj -t Fe,O,H --dump --order Fe,O,H。
图1是lammpstrj文件第一帧的样子，图2是输出的dump文件第一帧，发现所有的原子还是被识别成了Fe，请问这是我哪里的设置出了问题吗

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抱歉图的顺序反了

Graphite · 发表于 Post on 2025-4-10 18:27:09

本帖最后由 Graphite 于 2025-4-10 19:07 编辑

取什么名字发表于 2025-4-10 18:21
老师好，在更改了defines.cpp里的vdw半径后再次尝试，命令为reax_tools.exe -f dump.lammpstrj -t Fe,O,H - ...

全缩到一起应该是你输出的lammpstrj用的是相对坐标，我已经更新了这个支持，都是Fe的话请检查文件里的type （默认读取轨迹是按这样：atom_id type x y z)，或者OVITO做成xyz（extended）试试？

方便的话源文件贴一下

取什么名字 · 发表于 Post on 2025-4-10 20:32:25

本帖最后由取什么名字于 2025-4-10 21:19 编辑

Graphite 发表于 2025-4-10 18:27
全缩到一起应该是你输出的lammpstrj用的是相对坐标，我已经更新了这个支持，都是Fe的话请检查文件里的typ ...

检查了一下的确是lammpstrj的输出格式出了问题，id和type中间夹了个mol，源文件刚好大小超出了限制，耽误老师时间了，再次感谢

！
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刚想到可以保留了前面几帧上传一部分源文件，麻烦老师看一下，谢谢！

Graphite · 发表于 Post on 2025-4-10 22:02:06

取什么名字发表于 2025-4-10 20:32
检查了一下的确是lammpstrj的输出格式出了问题，id和type中间夹了个mol，源文件刚好大小超出了限制，耽误 ...

嗯嗯，我试了下对了，不过这文件9帧坐标一样的？没开积分器吗
确实之前没想到，我习惯只输出这些，盲区了，谢谢提供意见
之后版本我改一下根据标签匹配行号，以及说明写的更详细些

取什么名字 · 发表于 Post on 2025-4-11 00:34:35

Graphite 发表于 2025-4-10 22:02
嗯嗯，我试了下对了，不过这文件9帧坐标一样的？没开积分器吗
确实之前没想到，我习惯只输出这些，盲区 ...

是不一样的坐标，老师方便的话用ovito或者记事本打开看一看动画和坐标内容都是不一样的，非常感谢老师解惑，期待更加快捷好用的作品！

Yry · 发表于 Post on 2025-4-11 16:47:54

刚开始学习，不知道怎么安装使用reax_tools，有老师可以指导一下吗

Yry · 发表于 Post on 2025-4-11 16:49:00

leon682019 发表于 2024-6-13 16:22
好的谢谢老师确实刚入门linux 还需要学习

有解决吗？

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