[开源]ReaxTools反应动力学分析工具[1.9web网页版]

Graphite · 发表于 Post on 2025-4-11 17:16:07

Yry 发表于 2025-4-11 16:47
刚开始学习，不知道怎么安装使用reax_tools，有老师可以指导一下吗

你不如直接加我微信...

Yry · 发表于 Post on 2025-4-11 18:03:39

Graphite 发表于 2025-4-11 17:16
你不如直接加我微信...

谢谢老师

zhang_ · 发表于 Post on 2025-4-14 12:31:16

老师，可以请教下reax_species.py的命令怎么写吗

Graphite · 发表于 Post on 2025-4-14 13:40:00

zhang_ 发表于 2025-4-14 12:31
老师，可以请教下reax_species.py的命令怎么写吗

直接用1.6版本reax_tools啊，非要用0.3版本的reax_speices.py，源码里面也有提示，或者-h输出提示

zhang_ · 发表于 Post on 2025-4-14 15:51:53

谢谢，老师

zxs1127 · 发表于 Post on 2025-5-6 08:52:46

Graphite 发表于 2025-4-10 17:16
以前有的给我关掉了，主要是单双键的判断问题，之前用的基于距离和化合价匹配效果不好。

像高斯、chem ...

这个在其他结构软件也遇到过，确实不太好判断，有的时候软件识别是错误的。

ddddnight · 发表于 Post on 2025-6-15 18:19:24

大佬，是不是xyz文件不行呀，只能用.lammpsstrj文件

ddddnight · 发表于 Post on 2025-6-15 22:50:40

老师，您好。请问我用最新的1.85版本，用的命令是reax_tools -f xxxx -t O,H如图所示，但是运行了七八个小时还是卡在这里是什么原因呢
lammpsstrj文件上传至网盘。通过网盘分享的文件：dump.7z
链接: https://pan.baidu.com/s/1l4VZnHozMMNmTugCeebYNg?pwd=2r2w 提取码: 2r2w
--来自百度网盘超级会员v6的分享

Graphite · 发表于 Post on 2025-6-16 20:51:04

本帖最后由 Graphite 于 2025-6-16 21:08 编辑

ddddnight 发表于 2025-6-15 22:50
老师，您好。请问我用最新的1.85版本，用的命令是reax_tools -f xxxx -t O,H如图所示，但是运行了七八个小 ...

运行时间是分钟级的，正常情况下是每分钟至少100MB的速度，不知道你什么环境
图1没成键一般要么原子类型标注问题要么格式奇怪，图2显示是输入参数问题
有问题可以群里问，软件usage和github上群号都写了

uranusshi · 发表于 Post on 2025-6-17 00:38:14

老师，标准的lammps.trj文件格式是什么啊，我的输出轨迹文件是这样的，运行以后也没有报错，但就是不出csv文件。用ovito转了一下xyz文件和dump文件都没有用

Graphite · 发表于 Post on 2025-6-17 16:56:15

uranusshi 发表于 2025-6-17 00:38
老师，标准的lammps.trj文件格式是什么啊，我的输出轨迹文件是这样的，运行以后也没有报错，但就是不出csv ...

id type x y z，OVITO转xyz的话，出来的xyz(extended)格式差不多像这样：

2640
Lattice="....", ....
C 0.0 0.0 0.0
....
2640
Lattice="....", ....
C 1.0 0.0 0.0
....

uranusshi · 发表于 Post on 2025-6-17 23:26:17

Graphite 发表于 2025-6-17 16:56
id type x y z，OVITO转xyz的话，出来的xyz(extended)格式差不多像这样：

2640

感谢，轨迹文件改了个名字就好了，我原来用的是xxx.dump

uranusshi · 发表于 Post on 2025-6-17 23:50:01

老师，再问下species_count.csv，bond_count.csv，ring_count.csv这三个文件如何生成？

Graphite · 发表于 Post on 2025-6-18 11:33:48

uranusshi 发表于 2025-6-17 23:50
老师，再问下species_count.csv，bond_count.csv，ring_count.csv这三个文件如何生成？

如果文件轨迹格式正确、输入正确的话这些都是自动的

ddddnight · 发表于 Post on 2025-6-18 17:03:40

Graphite 发表于 2025-6-16 20:51
运行时间是分钟级的，正常情况下是每分钟至少100MB的速度，不知道你什么环境
图1没成键一般要么原子类型 ...

好的好的，感谢老师

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