Multiwfn查找出临界点但是对键径有疑问

Weldingspock · 发表于 Post on 2023-7-27 14:57:38

各位老师好，我目前有一个钙钛矿和水分子的模型。我在用VASP优化了结构之后使用cp2k进行了单点能计算，随后输出波函数给Multiwfn做AIM分析，但是我对分析结果有一点小疑问。如图所示，
蓝绿色的是I原子，墨绿色的是Pb原子。水分子和周围的I原子查找出两个BCP，左边的在CPprop.txt文件里标识connected bonds为H和I，结合位向关系（H和I之间的距离是2.80埃，O-H-I的夹角为140度），我暂且认定这个键是氢键，键径也符合氢键。右边的这个临界点显示键径为I和O，但是右边的H原子与I原子的位向关系也比较符合氢键的位向关系（H和I之间的距离3.1埃，O-H-I的夹角为120度），我想请问一下有可能是临界点是对的但是键径有偏差的情况吗？

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-27 17:14:42

没有那种所谓的偏差。BCP和键径是严格一一对应的

不能光因为O-H是氢键给体就因为有BCP而说O-H...Pb是氢键，Pb并不是典型的氢键受体。除非你做波函数分析体现出Pb带负电荷或者局部显Lewis碱的特征，才能说那是氢键。

这种问题的分析强烈建议绘制IGMH图，直观得多
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
http://sobereva.com/621（http://bbs.keinsci.com/thread-28147-1-1.html）

Weldingspock · 发表于 Post on 2023-7-27 18:35:46

老师，键径连的另一端是碘原子不是铅原子，所以我怀疑是氢键

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-28 01:41:09

Weldingspock 发表于 2023-7-27 18:35
老师，键径连的另一端是碘原子不是铅原子，所以我怀疑是氢键

算原子电荷判断I带电情况
并且结合IGMH等值面的sign(lambda2)rho着色颜色判断是什么情况

Weldingspock · 发表于 Post on 2023-7-28 13:36:22

sobereva 发表于 2023-7-28 01:41
算原子电荷判断I带电情况
并且结合IGMH等值面的sign(lambda2)rho着色颜色判断是什么情况

好的谢谢老师，原子电荷在cp2k中怎么计算呢

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-28 13:53:14

Weldingspock 发表于 2023-7-28 13:36
好的谢谢老师，原子电荷在cp2k中怎么计算呢

Multiwfn产生CP2K的输入文件界面里直接就能要求算REPEAT或Mulliken电荷。也可以产生molden文件再结合Multiwfn算CM5电荷

使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587（http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html）

Weldingspock · 发表于 Post on 2023-7-28 18:42:15

sobereva 发表于 2023-7-28 13:53
Multiwfn产生CP2K的输入文件界面里直接就能要求算REPEAT或Mulliken电荷。也可以产生molden文件再结合Mult ...

好的，谢谢老师，因为我之前也用VASP算了同样结构的自洽。可以用VASP自洽产生的电荷做电荷密度差图来判断吗

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-28 22:38:06

Weldingspock 发表于 2023-7-28 18:42
好的，谢谢老师，因为我之前也用VASP算了同样结构的自洽。可以用VASP自洽产生的电荷做电荷密度差图来判断 ...

如果你是指下文提到的变形密度，可以试试，但未必能得到直观的图像便于准确判断
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113

反正远不如用原子电荷来说事靠谱

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[波函数分析求助] Multiwfn查找出临界点但是对键径有疑问