肽链建模后是否需要修饰？

moni0823 · 发表于 Post on 2023-8-17 09:57:19

各位老师同学好，我想问一下我在建完一个肽链后，是否需要对其进行修饰（即N端乙酰化，C端酰胺化）？如果需要，这个修饰的意义是什么？

啊不错的飞过海 · 发表于 Post on 2023-8-17 18:41:45

这个建模是用来干什么的？——展示？做静态计算？动力学模拟？还是作为感兴趣的另一个体系的简化模型，用来做什么分析？
单就泛泛的”建了一个肽链“讲的话，加不加都可以，能导出就是胜利。后面有需求是后面的事。

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-18 05:06:25

一般是构建模型体系才需要这么做。比如下文里计算氨基酸残基的RESP电荷的例子，就构造了一个封端的模型。再比如实验上测定某种氨基酸残基侧链的pKa，往往构建比如五肽（被测的残基在中央），然后两侧用ACE和NME封端。
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

如果你没有特殊目的，也不需要排除两端的氨基和羧基的影响，就没必要这么处理。

moni0823 · 发表于 Post on 2023-8-18 09:34:10

本帖最后由 moni0823 于 2023-8-18 09:37 编辑

sobereva 发表于 2023-8-18 05:06
一般是构建模型体系才需要这么做。比如下文里计算氨基酸残基的RESP电荷的例子，就构造了一个封端的模型。再 ...

感谢老师的回答，我想问一下如果我需要研究一个六肽的结冰动力学模拟，那我是否需要修饰就是看两端的氨基和羧基是否有影响就可以了吗？

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-18 10:33:33

moni0823 发表于 2023-8-18 09:34
感谢老师的回答，我想问一下如果我需要研究一个六肽的结冰动力学模拟，那我是否需要修饰就是看两端的氨基 ...

如果这个六肽就是真实的寡肽体系，不需要封端
如果实验上构建的六肽就是两边封闭的，或者你用六肽模型代替真实的更大的蛋白质模型做计算，就得封端

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