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[GROMACS] 求助,关于gromacs续跑问题

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求助,请问各位大佬,关于gromacs的续跑问题

在跑完md1的基础上,想再跑5ns,可以不用上述方法,
gmx grompp -f md2.mdp -c md1.gro -r md1.gro -p one.top -n one.ndx -o md2.tpr
gmx mdrun -v -deffnm md2
用这两行命令跑吗?
(top和ndx文件都是跑md1时用的)

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发表于 Post on 2023-8-18 15:24:42 | 只看该作者 Only view this author
严格精确续跑必须结合cpt文件
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-18 16:17:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-18 15:24
严格精确续跑必须结合cpt文件

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2023-11-28 10:49:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-18 15:24
严格精确续跑必须结合cpt文件

还有个问题sob老师 我这样反复启动md模拟 会不会跑到最后发现跑乱套了呀 我是不是需要断点看一下模拟的结果  

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发表于 Post on 2023-11-29 00:10:20 | 只看该作者 Only view this author
CharlesN 发表于 2023-11-28 10:49
还有个问题sob老师 我这样反复启动md模拟 会不会跑到最后发现跑乱套了呀 我是不是需要断点看一下模 ...

自己搞清楚命令的用法和逻辑自然就不会
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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