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[新手求助] 过渡态TS的IRC扫描,峰比较尖咋回事呢?

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本帖最后由 lao7 于 2023-8-23 22:56 编辑

做一个磷酸二脂键(P-O-C)形成的过渡态计算(TS1)。计算完成后,针对过渡态(对应峰突变的一帧对应的状态)进行了IRC扫描(前后200步,步长为10)。IRC扫描观察分子前后结构变化等均符合预期。但是得出的能量图在过渡态状态很尖锐(如图),请问这合理吗?理论上这种变化不是逐渐的吗?原因是为何?

我从TS计算结果中抽出的过渡态,没有进一步优化,而是直接TS计算里抽出的过渡态的一帧。

谢谢!

。。。。。。。。。。
为了更准确地描述我的问题,我把我的操作步骤详细描述一遍:
1、绘制需要的分子结构,并优化,B3LYP/6-31+G** scrf
2、得到优化后的结构,适当稍微拉长所需断裂的键;进行TS1计算(B3LYP/6-31+G** scrf);
3、TS1计算收敛后,取过渡态的峰值对应一帧的分子结构,重新IRC扫描(B3LYP/6-31+G** scrf;步长10,200步数)

111.jpg (162.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

左侧:磷酸二脂;右:IRC能量变化

左侧:磷酸二脂;右:IRC能量变化

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发表于 Post on 2023-8-23 23:08:44 | 只看该作者 Only view this author
IRC曲线里面,过渡态附近的结构有大幅突变吗?
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

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发表于 Post on 2023-8-24 01:01:37 | 只看该作者 Only view this author
电子能垒60 kcal/mol太高,何况B3LYP倾向于低估能垒。
说明即使找到了过渡态,也与真实反应无关。查资料,可能是酸碱催化反应,并且并非单步反应。

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发表于 Post on 2023-8-24 04:30:17 | 只看该作者 Only view this author
IRC和扫描是两码事
“过渡态的峰值对应一帧的分子结构”语义不明,跑IRC应当用过渡态优化任务的最终结构
并且为保险起见,IRC任务加上guess=read读取chk任务收敛的波函数

相关注意事项:
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html
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