根据Hessian计算简谐振动频率

goldNAN

社长的Hess2freq软件http://sobereva.com/328通俗地讲解了力场数矩阵的计算、对角化得到本征值和本征矢量以及分子频率的计算流程，我根据网页上的内容，自己整理了一个PDF（Hessian计算力常数.pdf）。然而，直接舍去转动和平动的6个频率后获得的分子频率与Gaussian给出的还是有很大的差别。于是参考了https://ajz34.readthedocs.io/zh_ ... _Series/freq_1.html中的代码，将转动和平动的频率从力常数矩阵中投影掉，计算获得的分子频率与Gaussian的只有0.001 cm^1波数的误差。
我对其中的代码进行了修改，使其能够自动判断是否是线性的分子并输出。但是没有根据是否线性对频率做一些处理（需要自己改一些代码）。得到的结果如下图
我把代码和测试文件打包传到论坛，欢迎测试。代码有两个，一个是Jupyter notebook 一个是纯python代码。

小小玉

请问老师，平动、转动做投影后，输出的频率与Gaussian计算的频率结果几乎无差别，做投影有什么意义呢？我计算了其他分子，投影后的频率结果与Gaussian计算的结果误差在0.3cm-1左右，想用投影后的这个结果做分子间弱相互作用的分析，接下来应该怎么操作呢？频率的投影会影响到分子坐标吗？