求助：使用MS切γ-Al2O3(110)表面关于层数和坐标轴的问题

卡卡西永恒

各位老师好，我使用MS来切γ-Al2O3的(110)面，γ-Al2O3是用图1里的参数构建的，建好后如图2所示，切面后和别人文献相比有两个问题。
第一个问题我用MS切面后右下角的三维坐标轴并不处于水平竖直状态(图3)，但是文献中坐标抽却是水平竖直的(图4)，这是怎么回事
第二个问题是MS切面时Thickness设为几就代表有几层吗，文献设了4层，我在Thickness里填了4结果切出来感觉层数非常多(图3)，文献中就没那么多(图4)，这是什么原因

Eudaimonia

1.你查看晶胞参数看一下XY面的夹角是少就行，Z方向一般都是90°，不放心就添加真空层以后再确定晶胞参数

2.Thickness指的是你原来的原胞上的厚度，4就是4个原胞，一般描述模型的层数的时候是直接数有几层原子，就叫几层(当然有一些层间不分明的体系这个描述比较容易让人产生误解），光看图你的thicknees设1左右就和文献差不多了

卡卡西永恒

Eudaimonia 发表于 2023-9-13 21:01
1.你查看晶胞参数看一下XY面的夹角是少就行，Z方向一般都是90°，不放心就添加真空层以后再确定晶胞参数

...

谢谢您，对于坐标轴我还是有点问题，就是说我下面附的这张图片，里面的模型是正的，但是右下角的坐标轴却是歪的，但是文献中都是正的(上面图4)，难道他坐标轴是后加的，还是我设置的有问题

卡开发发

卡卡西永恒 发表于 2023-9-13 21:43
谢谢您，对于坐标轴我还是有点问题，就是说我下面附的这张图片，里面的模型是正的，但是右下角的坐标轴却 ...

切面的时候，cleave surface->options-，勾选reset orientation ... 这么个选项，或者在增加真空层的时候也有类似的，默认朝向的选项你也可以调整。

wypkdhd

MS默认切100出来就是110

卡卡西永恒

卡开发发 发表于 2023-9-14 07:17
切面的时候，cleave surface->options-，勾选reset orientation ... 这么个选项，或者在增加真空层的时候 ...

谢谢您，我还有个问题请教，就是对γ-Al2O3切(110)面，γ-Al2O3结构数据来源相同，但不同文献切出来的表面都不一样，我试着复原他们切出的表面，但现在一个也没复原出来，都有点差别，那我可以与他们都不相同吗，这个切面有什么依据或者注意事项吗

卡开发发

卡卡西永恒 发表于 2023-9-14 16:50
谢谢您，我还有个问题请教，就是对γ-Al2O3切(110)面，γ-Al2O3结构数据来源相同，但不同文献切出来的表 ...

这个不同得看多不同，如果单胞（惯用胞）以及晶面定下来的情况，可能会是暴露终端的差异，该用哪种终端就得视研究问题而定，选定暴露终端后文章应该也有所体现，只能说这些文献也太不规范了。

卡卡西永恒

卡开发发 发表于 2023-9-14 16:56
这个不同得看多不同，如果单胞（惯用胞）以及晶面定下来的情况，可能会是暴露终端的差异，该用哪种终端就 ...

γ-Al2O3的结构都是用的最上面图1的数据建立的，然后结构优化，切(110)面。下面的前两个图就是我通过调节Thickness和Top切出来觉得最像文献的结构图，最上面图4是文献里切出来的。
刚刚又有一个问题，就是我加了真空层后模型竟然反过来了，我在reset orientation和真空层那里改动也还是这样，这是咋回事呀

卡开发发

卡卡西永恒 发表于 2023-9-14 18:00
γ-Al2O3的结构都是用的最上面图1的数据建立的，然后结构优化，切(110)面。下面的前两个图就是我通过调节 ...

和真空所暴露的方向是显示UV矢量那个框的方向，你可以再调整一下。

卡卡西永恒

卡开发发 发表于 2023-9-15 07:52
和真空所暴露的方向是显示UV矢量那个框的方向，你可以再调整一下。

好的，谢谢您

卡卡西永恒

卡开发发 发表于 2023-9-15 07:52
和真空所暴露的方向是显示UV矢量那个框的方向，你可以再调整一下。

我看您在别人固体表面吸附的帖子有很好的解答，还有个问题想要请教一下您，我是想计算一些分子在Cu13(团簇)/γAl2O3(110)上的吸附，用slab模型。我在进行优化的时候是不是应该用如下操作
(1)优化γAl2O3的晶胞
(2)切面并扩胞，再进行优化
(3)单独优化Cu13团簇
(4)将Cu13团簇放到γAl2O3表面上整体优化
(5)将要吸附的分子放到模型中再整体优化
那么在(3)单独优化Cu13团簇时是要把它放在和(4)相同的盒子和空间位置进行优化吗

卡开发发

卡卡西永恒 发表于 2023-9-15 10:44
我看您在别人固体表面吸附的帖子有很好的解答，还有个问题想要请教一下您，我是想计算一些分子在Cu13(团 ...

1、常规来说可以这么操作也没什么问题，特定情况下不出现表面重构的话，（2）过程可以先切面建真空，优化完再扩胞可以节约时间，当然k点取法也要响应做调整。
2、（3）看关注的问题，如果讨论当下吸附后的结构在这个结构下的相互作用或者是电子转移（比如电子密度差），那么需要相同的盒子；如果是正常讨论吸附作用，团簇是完全独立的，那么应该用足够大的盒子进行计算或者有些程序同时支持PBC和非PBC的计算则可以使用非PBC的方式进行计算即可。

卡卡西永恒

卡开发发 发表于 2023-9-15 11:06
1、常规来说可以这么操作也没什么问题，特定情况下不出现表面重构的话，（2）过程可以先切面建真空，优化 ...

好的，谢谢您，我再继续摸索摸索

han-

你好，请问图4的文献可以告诉我一下题目吗？

quqi

卡卡西永恒 发表于 2023-9-15 21:50
好的，谢谢您，我再继续摸索摸索

你好楼主，我最近也在研究这个建模的知识，也看到了你对应的那篇文献，我想先向您求一份γ-Al2O3的cif文件，找了好久还是没有找到，谢谢，要是后续研究有什么问题，还要向您请教。