求助Molclus操作生成金属团簇

啊嘞嘞 · 发表于 Post on 2023-9-15 11:07:01

本帖最后由啊嘞嘞于 2023-9-15 11:09 编辑

老师，您好！
我按照http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html里边看了关于金属团簇初始结构的搜索，对Lil例子进行操作，但是得不到下图1的结构。生成的traj.xyz拖进VMD看不见图形（图2），isomer.xyz里面是空白的，也没有生成cluster.xyz文件。是在出现图3界面时的时候选择gau.gif文件（图4）进行优化么？。不知道是什么原因，还请老师帮忙解答
图1

图2

图3

图4

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-16 01:29:10

文本编辑器打开traj.xyz弄清楚里面记录的什么

VMD默认用line方式显示原子和键，如果traj.xyz里的Li之间都超过了VMD成键判断阈值，Li就会显示成一个像素大小的点，不改成CPK等方式的话眼神不好的话看不清楚

又写成g16w，红字怎么强调都没用
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html

啊嘞嘞 · 发表于 Post on 2023-9-17 11:12:11

sobereva 发表于 2023-9-16 01:29
文本编辑器打开traj.xyz弄清楚里面记录的什么

VMD默认用line方式显示原子和键，如果traj.xyz里的Li之间 ...

不好意思老师，是我理解错了。老师，我还有两个问题：1.是否可以从获得的cluster.xyz文件取坐标用gaussian进行后续计算，比如说用来催化其他化合物的相关反应路径？2.取出来的坐标用GaussView打开，看不出原子之间的连接方式，该怎么确定各个原子之间的连接呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-18 09:19:50

啊嘞嘞发表于 2023-9-17 11:12
不好意思老师，是我理解错了。老师，我还有两个问题：1.是否可以从获得的cluster.xyz文件取坐标用gaussia ...

可以

谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414（http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html）

啊嘞嘞 · 发表于 Post on 2023-9-19 08:45:23

sobereva 发表于 2023-9-18 09:19
可以

谈谈原子间是否成键的判断问题

好的，谢谢老师

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