amber力场描述electrwd.groups什么意思

alystone · 发表于 Post on 2016-9-3 20:32:11

HC 1.008       0.135             H aliph. bond. to C without electrwd.group
H1 1.008       0.135             H aliph. bond. to C with 1 electrwd. group
H2 1.008       0.135             H aliph. bond. to C with 2 electrwd.groups
H3 1.008       0.135             H aliph. bond. to C with 3 eletrwd.groups
HA 1.008       0.167             H arom. bond. to C without elctrwd. groups
H4 1.008       0.167             H arom. bond. to C with 1 electrwd. group
H5 1.008       0.167             H arom.at C with 2 elctrwd. gr,+HCOO group
请问在amber力场描述中的electrwd.groups什么意思  我是吡啶上的H  我该选择哪一个

sobereva · 发表于 Post on 2016-9-3 23:44:09

就是electron-withdraw group，拉电子基团
对于N的邻位H，由于N是拉电子的，所以H4。其它都是HA。
如果不会判断，在gview里画好结构，然后进入原子列表编辑器查看自动判断的Amber力场原子类型

alystone · 发表于 Post on 2016-9-4 10:02:09

sobereva 发表于 2016-9-3 23:44
就是electron-withdraw group，拉电子基团
对于N的邻位H，由于N是拉电子的，所以H4。其它都是HA。
如果不 ...

谢谢sob老师的回答，很顺利的解决了我的问题。

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